ينص قانون تنظيم الجامعات الخاصة والأهلية، فى المادة (20) منه، على أن ينشأ بوزارة التعليم العالى صندوق للتعليم الجامعى الخاص والأهلى ينفق منه على تطوير وتحديث هذا التعليم وكذا البحوث والمشاريع البحثية، وعلى كل ما يلزم لممارسة المجلس سائر اختصاصاته، وذلك طبقًا لما يقرره مجلس الجامعات الخاصة والأهلية.
وتتكون موارد الصندوق من:
1- المبالغ التى قد يتم إدراجها لهذا الغرض فى موازنة وزارة التعليم العالى.
2- ما تسهم به الجامعات الخاصة والأهلية مقابل ما يقدم لها من خدمات طبقًا لما يقرره مجلس الجامعات الخاصة والأهلية.
3- الإعانات والهبات والتبرعات التى يقبلها الصندوق طبقًا للائحته ويوافق عليها الوزير المختص بالتعليم العالى.
4- حصيلة استثمار أموال الصندوق.
وتودع أموال الصندوق فى حساب خاص بالبنك المركزى.
ووفقا للمادة 21، تصدر اللائحة الداخلية للصندوق بقرار من الوزير المختص بالتعليم العالى بعد موافقة مجلس الجامعات الخاصة والأهلية وتبين اللائحة كيفية تشكيل مجلس إدارة الصندوق ونظام عمله، والشئون المالية والإدارية المنظمة له، وأحكام الإنفاق من موارده، ويخضع الصندوق لرقابة الجهاز المركزى للمحاسبات طبقًا لأحكام القانون.
وتنص المادة 19، على أن تحدد اللائحة التنفيذية الإطار العام والأحكام التفصيلية لتنفيذ أحكام هذا القانون وعلى الأخص ( إجراءات وشروط ومتطلبات عملية إنشاء الجامعة، وبدء الدراسة بها، شروط وضوابط تعيين القيادات الجامعية وأعضاء هيئة التدريس ومعاونيهم، شئون التعليم والطلاب، نظام العمل بمجلس الجامعات الخاصة والأهلية).