حددت المادة رقم (13) من القانون رقم 209 لسنة 2020 بإصدار قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية، موارد الهيئة، ونصت على أن تتكون موارد الهيئة من:
1 - الهبات والتبرعات والإعانات والمنح التي يقبلها مجلس إدارة الهيئة في ضوء القواعد المقررة في هذا الشأن.
2 - القروض التي تعقد لصالح الهيئة.
3 - حصيلة الرسوم والمصاريف والعوائد التي تستحق لها وفقًا لأحكام هذا القانون.
4 - أى حصيلة أخرى لنشاطها وإدارتها واستثمارها لأموال الأوقاف.
وذلك كله بما لا يتعارض مع أغراض الهيئة
وتنص المادة رقم (15) على أن يكون للهيئة موازنة مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات الاقتصــادية، وتبدأ السنة المالية للهيئة مع السنة المالية للدولة وتنتهي بنهـــايتها، ويتم إعدادها وفقًا للقواعد المقررة قانونًا، ويكون للهيئة حساب خاص لدى البنك المركزي، كما يكون لها الحق في فتح حسابات تجارية لدى البنوك الأخرى الخاضعة لإشراف البنك المركزي، وذلك بعد موافقة وزارة المالية.
فيما تنص المادة رقم (16) على أن تقوم الهيئة بإنشاء حساب سنوي خاص لإيرادات ومصروفات كل وقف من الأوقاف التي انتهت، وكذلك الأوقاف المشتركة والأوقاف الخيرية، كما تقوم بإنشاء حساب ختامي متضمنًا إجمالي إيرادات ومصروفات الأوقاف الخيرية التي تحت إدارتها وبيانًا بحساب أموال البدل.
وترسل هذه الحسابات إلي وزارة الأوقاف مع صافي الإيرادات المستحقة لها في نهاية العام المـالى، كما تمسك الهيئة حسابًا منفصلاً بالاحتياطيات، ومصاريف الإدارة والصيانة، وذلك كله بما لا يتعارض مع الأحكام المنظمة للهيئات العامة في هذا الشأن.