تضمن القانون رقم 139 لسنة 2021 بإنشاء صندوق مواجهة الطوارئ الطبية، عدد من الضوابط بشأن النظام الأساسى للصندوق وآليات وضعها وتحديد اختصاصات المدير التنفيذى للصندوق، وفيما يلى نستعرض هذه الضوابط.
ووفقا للقانون
يصدر النظام الأساسى للصندوق بقرار من رئيس مجلس الوزراء بناءً على عرض من وزير الصحة والسكان وبعد موافقة وزير المالية خلال ستين يومًا من تاريخ العمل بهذا القانون، ويتضمن القواعد والإجراءات المتعلقة بنظام عمل مجلس الأمناء ومجلس الإدارة وكيفية إصدار قراراته، وتحديد اختصاصات المدير التنفيذى، وغيرها من الضوابط والإجراءات المتعلقة بنظام العمل بالصندوق، ويحدد النظام الأساسي للصندوق نسبة المساهمة التى يتحملها الصندوق فى حالات التدخلات الطبية.
يكون للصندوق موازنة مستقلة، وتبدأ السنة المالية للصندوق مع السنة المالية للدولة وتنتهي بنهايتها، ويفتح له حساب بالبنك المركزى المصرى أو البنوك التجارية بعد موافقة وزير المالية، ويُعد الصندوق قوائم مالية سنوية وربع سنوية، ويتم ترحيل الفائض من عام إلى آخر.
تخضع حسابات الصندوق لرقابة وزارة المالية والجهاز المركزى للمحاسبات، واستثناءً من أحكام قانون ربط الموازنة العامة للدولة تُعفى إيرادات الصندوق من أى خصومات مقررة لصالح الخزانة العامة للدولة.
مع عدم الإخلال بأحكام القانون رقم 182 لسنة 2020 بإلغاء الإعفاء المقرر على عوائد أذون الخزانة والسندات أو الأرباح الرأسمالية الناتجة عن التعامل فى هذه الأذون والسندات من الضريبة على الدخل، تعفى أموال الصندوق والتسهيلات الائتمانية الممنوحة له من جميع أنواع الضرائب والرسوم بما فى ذلك الضريبة على القيمة المضافة التى يتحمل الصندوق عبأها مباشرة، وذلك كله فى حدود الغرض الذي أنشئ من أجله.