حدد قانون الموارد المائية والري عدد من المحظورات لحماية المياه، حيث نصت المادة 92، على أن يحظر القيام بأي فعل من الأفعال الآتية، وهى: تبديد أو إهدار الموارد المائية بتجاوز الكميات المقررة أو المرخص بها أو بصرفها دون مقتضى في مصرف خاص أو عام أو في شبكة صرف مغطى أو باستخدامها في أراضي غير مقررة الري أو غير مرخص بريها أو باستخدامها في أغراض غير مرخص بها أو باستخدام طريقة الري غير المرخص بها، إعاقة سير المياه في نهر النيل وفرعيه أو المجاري المائية أو شبكة صرف مغطى أو مخر سيل أو إجراء عمل يكون من شأنه الإخلال بالموازنات، وفتح أو إغلاق أو إلحاق أي تلف بأي هويس أو قنطرة أو أحد منشآت ومعدات الري والصرف التابعة للوزارة أو غيرها من الأعمال المعدة لموازنة سير المياه الجارية والمنشأة في المجاري المائية أو المخترقة جسور النيل أو جسور إحدى المجاري المائية.
كما تحظر وضع أوتاد لربط الشباك في نهر النيل وفرعيه أو جسور المجاري المائية أو في قاعها أو في جسور حوض إحدى القناطر أو الأهوسة أو الكباري، وإقامة المزارع وأقفاص التربية السمكية في مجرى النيل وفرعيه وحتى خمسمائة متر خلف قناطر إدفينا وسد وهويس دمياط وكذا الرياحات والترع العامة وبحيرة ناصر.
وشملت المحظورات الردم بإلقاء الطمى أو الأتربة وخلافه في مجرى نهر النيل وفرعيه وأخواره أو مخرات السيول، والردم بإلقاء الطمى أو الأتربة وخلافه في المجاري المائية أو على جسور أي منها أو في شبكة صرف مغطى، كما يحظر استخدام المياه العذبة فى تغذية المزارع السمكية بدون موافقة الوزارة، وقطع جسور النيل أو المجاري المائية، والحفر وأخذ أتربة أو أحجار أو غير ذلك من المواد والمهمات الأخرى من جسور النيل وجوانبه ومساطيحه أو من جسور المجاري المائية أو مخرات السيول أو من منشآت ومعدات الرى والصرف أو أى عمل آخر داخل فى الأملاك العامة ذات الصلة بالموارد المائية، وإقامة أحواض لآلات رفع المياه الخاصة والمواسير الملحقة بها على جسور النيل وفرعيه والمجارى المائية، وتزال بالطريق الإدارى على نفقة المخالف كل مخالفة لأحكام هذه المادة.
ونصت المادة 125 من مشروع القانون على أن يعاقب كل من يخالف أى حكم من أحكام تلك البنود (2، 4، 5، 8، 9) من المادة 92 بالحبس مدة لا تزيد على سنة وبغرامة لا تقل عن 10 آلاف جنيه ولا تزيد على 50 ألف جنيه أو بإحدى هاتين العقوبتين، وتضاعف العقوبة فى حالة تكرار المخالفة.