منح القانون موازنة مالية مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية، للمركز القومي لإدارة المجال الجوى، ونصت المادة 12 من قانون رقم 25 لسنة 2022 بإنشاء المركز القومي لإدارة المجال الجوي محدثاً حتى عام 2023، علي :"تكون للمركز موازنة مالية مستقلة تعد علي نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية ، وتبدأ السنة المالية للمركز مع السنة المالية للدولة وتنتهي بانتهائها ، كما يكون للمركز حساب خاص يفتح ضمن حساب الخزانة الموحد بالبنك المركزي المصري ، وله أن يفتح حسابًا بأحد البنوك التجارية بعد موافقة وزير المالية ، تودع فيه جميع موارده ، ويجوز لوزير المالية بالاتفاق مع وزير الطيران المدني منح أموال المركـز المودعة بحساب الخزانة الموحد عـائدًا لا يزيد علي العائد الممنوح من البنوك التجارية ، ويرحل فائض أموال المركز من موارده الذاتية من سنة مالية إلي أخرى .
حدد القانون 6 موارد مالية للمركز القومي لإدارة المجال الجوي، ونصت المادة علي:"تتكون موارد المركز مما يأتي :
1 - التبرعات والهبات والمنح النقدية أو العينية التي يتلقاها من الأشخاص الطبيعية أو الاعتبارية والتي يقبلها مجلس إدارة المركز بما لا يتعارض مع أغراضه .
2 - القروض التي تعقد لصالح المركز من خلال الأجهزة المعنية بالدولة .
3 - مقابل الخدمات التي يؤديها المركز للغير .
4 - مقابل الخدمات الملاحية الجوية التي يؤديها المركز لـ وزارة الطيران المدني ، والذي يصدر بتحديده قرار من رئيس مجلس الوزراء بناء علي عرض مجلس إدارة المركز .
5 - عائد استثمار فائض أموال المركز في المجالات اللازمة لتحقيق أهدافه .
6 - ما قد تخصصه الدولة للمركز من مساهمات في موازنتها العامة .
واشترط القانون وجود مدير تنفيذي متفرغ للمركز القومي لإدارة المجال الجوي، ونصت المادة 9 علي :"يكون للمركز مدير تنفيذي متفرغ ، يصدر بتعيينه وإعفائه من منصبه وتحديد معاملته المـالية قرار من رئيس مجلس الوزراء بناء علي عرض وزير الدفاع ويكون تعيينه لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد .
ويمثل المدير التنفيذي المركز أمام القضاء وفي صلاته بالغير ، ويكون مسئولاً أمام مجلس الإدارة عن سير أعمال المركز فنيا وإداريا وماليا ، ويكون له سلطات الوزير المقررة في القوانين واللوائح.