منح القانون مجلس الوزراء، إعفاء المركز القومي لإدارة المجال الجوى، من أي ضرائب ونصت المادة 13 من قانون رقم 25 لسنة 2022 بإنشاء المركز القومي لإدارة المجال الجوي محدثاً حتى عام 2023: "لمجلس الوزراء بنـاءً علي اقتراح رئيس مجلس إدارة المركز وعرض وزير المالية، إعفاء المركز كليا أو جزئيا من أية ضرائب أو رسوم أو ضريبة الدمغة أو رسم تنمية موارد الدولة أو الضريبة علي القيمة المضافة، أو تكليف الخزانة العامة للدولة بسدادها .
ونصت المادة 14 علي :"أموال المركز أموال عامة ، ويكون للمركز في سبيل اقتضاء حقوقه اتخاذ إجراءات الحجز الإداري طبقًا لأحكام القانون رقم ٣٠٨ لسنة ١٩٥٥ بشأن الحجز الإداري .
وقد منح القانون موازنة مالية مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية، للمركز القومي لإدارة المجال الجوى، ونصت المادة 12 من قانون رقم 25 لسنة 2022 بإنشاء المركز القومي لإدارة المجال الجوي محدثاً حتى عام 2023، علي :"تكون للمركز موازنة مالية مستقلة تعد علي نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية ، وتبدأ السنة المـالية للمركز مع السنة المـالية للدولة وتنتهي بانتهائها ، كما يكون للمركز حساب خاص يفتح ضمن حساب الخزانة الموحد بالبنك المركزي المصري ، وله أن يفتح حسابًا بأحد البنوك التجارية بعد موافقة وزير المـالية ، تودع فيه جميع موارده ، ويجوز لوزير المـالية بالاتفـاق مع وزير الطـيران المـدني منح أموال المركـز المودعة بحساب الخـزانة الموحـد عـائدًا لا يزيد علي العائد الممنوح من البنوك التجارية ، ويرحل فائض أموال المركز من موارده الذاتية من سنة مالية إلي أخري .
حدد القانون 6 موارد مالية للمركز القومي لإدارة المجال الجوي، ونصت المادة علي:"تتكون موارد المركز مما يأتي :
1 - التبرعات والهبات والمنح النقدية أو العينية التي يتلقاها من الأشخاص الطبيعية أو الاعتبارية والتي يقبلها مجلس إدارة المركز بما لا يتعارض مع أغراضه .
2 - القروض التي تعقد لصالح المركز من خلال الأجهزة المعنية بالدولة .
3 - مقابل الخدمات التي يؤديها المركز للغير .
4 - مقابل الخدمات المـلاحية الجوية التي يؤديها المركز لـوزارة الطـيران المدني ، والذي يصدر بتحديده قرار من رئيس مجلس الوزراء بناء علي عرض مجلس إدارة المركز .
5 - عائد استثمار فائض أموال المركز في المجالات اللازمة لتحقيق أهدافه .
6 - ما قد تخصصه الدولة للمركز من مساهمات في موازنتها العامة .
واشترط القانون وجود مدير تنفيذي متفرغ للمركز القومي لإدارة المجال الجوي، ونصت المادة 9 علي :"يكون للمركز مدير تنفيذي متفرغ ، يصدر بتعيينه وإعفائه من منصبه وتحديد معاملته المـالية قرار من رئيس مجلس الوزراء بناء علي عرض وزير الدفاع ويكون تعيينه لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد.
ويمثل المدير التنفيذي المركز أمام القضاء وفي صلاته بالغير، ويكون مسئولاً أمام مجلس الإدارة عن سير أعمال المركز فنيا وإداريا وماليا، ويكون له سلطات الوزير المقررة في القوانين واللوائح.