تسببت زيارة الرئيس عبد الفتاح السيسى إلى الكاتدرائية بمناسبة عيد الميلاد المجيد فى حالة من الهياج لدى جماعة الإخوان وحلفائها، حيث هاجمها ما يسمى بالمجلس الثورى التابع للجماعة، فى بيان صادر عنه وزعم أن مشهد وجود السيسى داخل الكاتدرائية لم يكن مشهدا للوحدة الوطنية والتلاحم بين قطاعات المجتمع. كما هاجم البيان الكنيسة المصرية ودعا الأقباط للتمرد عليها ووصف تصرفاتها بغير المسئولة بحسب زعم البيان.
واعترف المجلس فى بيان له اليوم الاثنين، أن الأقباط شاركوا فى ثورة 30 يونيو 2013، ضد حكم محمد مرسى، وشن هجوما على الكنيسة الأرثوذكسية، وزعم أنها تعمل على ترسيخ التوتر الطائفى.
وحرض المجلس، الأقباط على المشاركة فى فعاليات الإخوان المقرر تنظيمها فى ذكرى 25 يناير 2016، المقرر لها الاثنين المقبل، وحرض أيضا القوى السياسية على مشاركتهم فى المظاهرات خلال تلك الذكرى.