نص قانون مكافحة الإرهاب على حالة مع تحققها يمكن إمكانية الإعفاء من العقوبة المقررة فى هذا القانون، وهى وفقًا لما نصت عليه المادة 38 أن يبادر الجناة بإبلاغ السلطات قبل تنفيذ الجريمة، وجاء فى نص المادة " يُعفى من العقوبات المقررة للجرائم المشار إليها فى هذا القانون كل من بادر من الجناة بإبلاغ السلطات المختصة قبل البدء فى تنفيذ الجريمة، ويجوز للمحكمة الإعفاء من العقوبة إذا حصل البلاغ بعد تنفيذ الجريمة وقبل البدء فى التحقيق، وذلك إذا مكن الجانى السلطات من القبض على مرتكبى الجريمة الآخرين، أو على مرتكبى جريمة أخرى مماثلة لها فى النوع والخطورة.
ووضع قانون مكافحة الإرهاب 27 مادة للعقوبات على جرائم الإرهاب، وهى من المواد 12 وحتى 39، حيث نص القانون، على أنه يُعاقب بالإعدام أو السجن المؤبد كل من أنشأ أو أسس أو نظم أو أدار جماعة إرهابية، أو تولى زعامة أو قيادة فيها.
ويُعاقب بالسجن المشدد كل من انضم إلى جماعة إرهابية أو شارك فيها بأية صورة مع علمه بأغراضها، وتكون العقوبة السجن المشدد الذى لا تقل مدته عن عشر سنوات إذا تلقى الجانى تدريبات عسكرية أو أمنية أو تقنية لدى الجماعة الإرهابية لتحقيق أغراضها، أو كان الجانى من أفراد القوات المسلحة أو الشرطة.
ويُعاقب بالسجن المؤبد كل من أكره شخصاً أو حمله على الانضمام إلى الجماعة الإرهابية، أو منعه من الانفصال عنها.
وتكون العقوبة الإعدام إذا ترتب على الإكراه أو الحمل أو المنع وفاته.
كما جرم القانون تمويل الإرهاب والارهابيين، ونص على أن يُعاقب بالسجن المؤبد كل من ارتكب جريمة من جرائم تمويل الإرهاب إذا كان التمويل لإرهابى، وتكون العقوبة الإعدام إذا كان التمويل لجماعة إرهابية أو لعمل إرهابى.
وفى الأحوال التى ترتكب فيها الجريمة بواسطة جماعة إرهابية، يُعاقب المسئول عن الإدارة الفعلية لهذه الجماعة بالعقوبة المقررة فى الفقرة السابقة من هذه المادة ما دامت الجريمة قد ارتكبت لحساب الجماعة أو لمصلحتها.
كما تعاقب الجماعة الإرهابية بغرامة لا تقل عن مائة ألف جنيه ولا تجاوز ثلاثة ملايين جنيه، وتكون مسئولة بالتضامن عن الوفاء بما يحكم به من عقوبات مالية أو تعويضات.