تتخذ المحكمة الجنائية عددًا من القرارات مع كل حكم تتخذه بالإدانة فى جريمة إرهابية، وهى وفقًا للمادة 39 من قانون مكافحة الإرهاب رقم 94 لسنة 2015، "مع عدم الإخلال بحقوق غير حسنى النية، تقضى المحكمة فى كل حكم يصدر بالإدانة فى جريمة إرهابية، فضلاً عن العقوبة المقررة للجريمة، بمصادرة الأموال والأمتعة والأسلحة والأدوات والمستندات، وغيرها مما استخدم فى ارتكاب الجريمة أو تحصل عنها، وبحل الجماعة الإرهابية وإغلاق مقارها وأمكنتها فى الداخل والخارج، فضلاً عن إغلاق أى مكان تم فيه تصنيع أو تصميم الأسلحة بمختلف أنواعها، المستخدمة فى ارتكاب أية جريمة إرهابية، وغيرها مما يكون قد استعمل أو أعد للاستعمال من قبل الإرهابى أو الجماعة الإرهابية.
كما تقضى المحكمة عند الحكم بالإدانة، بمصادرة كل مال ثبت أنه مخصص للصرف منه على الأعمال الإرهابية، وبإدراج المحكوم عليه والكيان الذى يتبعه فى القوائم المنصوص عليها فى القانون رقم 8 لسنة 2015".
وفى باب العقوبات بالقانون، نصت المادة 12 على: "يُعاقب بالإعدام أو السجن المؤبد كل من أنشأ أو أسس أو نظم أو أدار جماعة إرهابية، أو تولى زعامة أو قيادة فيها.
ويُعاقب بالسجن المشدد كل من انضم إلى جماعة إرهابية أو شارك فيها بأية صورة مع علمه بأغراضها، وتكون العقوبة السجن المشدد الذى لا تقل مدته عن عشر سنوات إذا تلقى الجانى تدريبات عسكرية أو أمنية أو تقنية لدى الجماعة الإرهابية لتحقيق أغراضها، أو كان الجانى من أفراد القوات المسلحة أو الشرطة.
ويُعاقب بالسجن المؤبد كل من أكره شخصاً أو حمله على الانضمام إلى الجماعة الإرهابية، أو منعه من الانفصال عنها، وتكون العقوبة الإعدام إذا ترتب على الإكراه أو الحمل أو المنع وفاته".
وعرفت المادة الثانية من القانون العمل الإرهابى، بأنه كل استخدام للقوة أو العنف أو التهديد أو الترويع فى الداخل أو الخارج، بغرض الإخلال بالنظام العام أو تعريض سلامة المجتمع أو مصالحه أو أمنه للخطر، أو إيذاء الأفراد أو إلقاء الرعب بينهم، أو تعريض حياتهم أو حرياتهم أو حقوقهم العامة أو الخاصة أو أمنهم للخطر، أو غيرها من الحريات والحقوق التى كفلها الدستور والقانون، أو الإضرار بالوحدة الوطنية أو السلام الاجتماعى أو الأمن القومي، أو إلحاق الضرر بالبيئة، أو بالموارد الطبيعية أو بالآثار أو بالأموال أو بالمبانى أو بالأملاك العامة أو الخاصة، أو احتلالها أو الاستيلاء عليها، أو منع أو عرقلة السلطات العامة أو الجهات أو الهيئات القضائية أو مصالح الحكومة أو الوحدات المحلية أو دور العبادة أو المستشفيات أو مؤسسات ومعاهد العلم، أو البعثات الدبلوماسية والقنصلية، أو المنظمات والهيئات الإقليمية والدولية فى مصر، من القيام بعملها أو ممارستها لكل أو بعض أوجه نشاطها، أو مقاومتها، أو تعطيل تطبيق أى من أحكام الدستور أو القوانين أو اللوائح. وكذلك كل سلوك يرتكب بقصد تحقيق أحد الأغراض المبينة بالفقرة الأولى من هذه المادة، أو الإعداد لها أو التحريض عليها، إذا كان من شأنه الإضرار بالاتصالات أو بالنظم المعلوماتية أو بالنظم المالية أو البنكية، أو بالاقتصاد الوطنى أو بمخزون الطاقة أو بالمخزون الأمنى من السلع والمواد الغذائية والمياه، أو بسلامتها أو بالخدمات الطبية فى الكوارث والأزمات.