تباشر نيابة أمن الدولة العليا، برئاسة المستشار خالد ضياء، المحامى العام الأول، التحقيق في قضية قناة الجزيرة، و اتهام محمود حسين جمعة "مدير المراسلين بالمقر الرئيسى لقناة الجزيرة بالدوحة ببث وإشاعة أخبار وبيانات كاذبة، تستهدف إثارة الفتن والتحريض ضد مؤسسات الدولة وإشاعة حالة من الفوضى من خلال بث الأخبار الكاذبة وإعداد التقارير الإعلامية والمقالات والأفلام الوثائقية المفبركة .
وكشفت التحقيقات، أن المتهم قام بالنصب على قناة الجزيرة عقب الحريق الذى نشب فى سبتمبر عام 2013 بالأستوديو الرئيسى بمكتب القاهرة، حيث أقنع إدارة قناة الجزيرة بأنه قام بإستئجار مخزن لتشوين الشرائط والمعدات والأجهزه، وأن نسبة الخسائر التى وقعت بالأستوديو لا تتعدى 20 إلى 25 % من إجمالى المعدات والأرشيف فى القاهرة.
وأضافت التحقيقات، أن إدارة قناة الجزيرة وافقت بالفعل على اقتراح استئجار المخزن، إلا أن المتهم قام بإنشاء شركة من الباطن مع عبد الفتاح فايد، مدير مكتب الجزيرة، متخصصة فى إنتاج الأفلام الوثائقية ويكون مقرها بمنطقة المريوطية بالجيزة، وتدير هذه الشركة شبكة تضم العديد مراسلين المنتمين إلى تنظيم جماعة الإخوان الإرهابية، لإعداد تقارير مفبركة حول وجود مظاهرات ومسيرات لتنظيم جماعة الإخوان الإرهابية، وإعداد بيانات كاذبة، واطلق على الشركة تحت مسمى big plus، مقابل تقاضى 90 الف دولار فى الشهر يتم تحويلها من إدارة القناة بالدوحة .
وكشفت التحقيقات، أن عبد الفتاح فايد، مدير مكتب الجزيرة، وقع خلاف مادى بينه وبين مجموعة ممن يعملون معه فى الشركة، ما أدى الى قيام أحد الأشخاص بنسخ الإيميلات الخاصة بـ"عبد الفتاح فايد" والشركة، ثم قام بتسليمها لإدارة قناة الجزيرة مع التعتيم عليها كما يتم التحقيق مع سيدة تدعى ريم قطب جبارة فى نفس القضية.