يعد المَجْمع المقدس الهيئة العليا داخل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، ويرأسه البابا الأنبا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، حيث يناقش الأوضاع التشريعية والكهنوتية واللاهوتية.
ويوجد بالمجمع 12 لجنة رئيسية وهى: لجنة السكرتارية واللجنة الدائمة ولجنة الرعاية والخدمة ولجنة شئون الإيبارشيات ولجنة شئون الرهبنة والأديرة ولجنة الأسرة بالإضافة إلى لجنة الإيمان والتعليم ولجنة الطقوس ولجنة العلاقات العامة ولجنة الإعلام والمعلومات ولجنة المسكونية ولجنة شئون المهجر.
وتقوم اللجان الدائمة بدورها بالمجمع سواء اتخاذ قرارات فى الظروف الطارئة فقط فيما عدا ما يخص الإيمان والعقيدة وفقا للكنيسة من ثم يتم عرض القرارات التى اتخذت في الظروف الطارئة في أول جلسة للمجمع.
كما تقوم اللجان الدائمة بالمجمع أيضا بوظيفة استشارية ومهمة وهى تقديم الاستشارات للبابا تواضروس فيما يعرض عليه من موضوعات وتعمل اللجنة الدائمة بالمجمع المقدس على المتابعة سواء في تنفيذ قرارات المجمع المقدس التى اتخذت بعد جلسة الانعقاد وتنفيذ هذه القرارات على أرض الواقع.
أما لجنة شئون الرهبنة والأديرة فمهمتها الإشراف على كل ما يختص بالأديرة القائمة وعمل حصر رسمى بالأديرة المعترف بها وتقنين أوضاع الأديرة الجديدة تمهيدا للاعتراف بها ورعاية الرهبان والراهبات.
وتقوم لجنة السكرتارية بدورها بالمجمع المقدس وهو كالآتى: حفظ كل مستندات المجمع أو صور منها وما يتم إصداره من قرارات وتدوين وحفظ محاضر الجلسات والمراسلات ومشروعات القرارات والبحوث المتنوعة والدراسات وإرسال ما يلزم منها لأعضاء المجمع بالإضافة إلى متابعة أعمال لجان المجمع وحفظ قراراتها لعرضها على المجمع المقدس وكذلك ما تقدمه اللجان من توصيات أو دراسات وإرسال الدعوة لأعضاء المجمع لحضور جلساته بناء على توجيهات قداسة البابا وإعداد ما يلزم تقديمه للمجمع من بيانات أو مشروعات أو قرارات لجان أو دراسات واستلام ما يرد إلى المجمع من شكاوى أو مقترحات مع فحصها وتحويلها إلى اللجان المختصة أو عرضها على قداسة البابا وتلقى توجيهاته.
وتنقسم لجنة الرعاية بالكنيسة إلى 8 لجان فرعية وهى: لجنة إخوة المسيح الأصاغر ولجنة الصحة النفسية ومكافحة الإدمان ولجنة بيوت الضيافة ولجنة رعاية المغتربين ولجنة السجون ولجنة التنمية الاقتصادية ولجنة الرعاية الصحية ولجنة ذوى القدرات الخاصة.
أما لجنة شئون الإيبارشيات فلها مهام محددة وهى بحث مشكلات الإيبارشيات وحلها والتركز على رعاية الإكليروس وأسرهم ورعاية المكرسين والمكرسات وحل مشكلاتهم وتضم لجنتين فرعيتين وهما لجنة رعاية شئون الكهنة ولجنة التكريس.
ولجنة الإعلام والمعلومات لها دور بالمجمع وهو الإشراف على القنوات الفضائية المسيحية والمجلات المسيحية وتحديث العضوية الكنسية وتوثيق التاريخ الكنسى المعاصر من مصادر موثوق بها، وتضم اللجنة ثلاث لجان فرعية وهى لجنة القنوات الفضائية ولجنة العضوية الكنسية ولجنة تسجيل التاريخ الكنسي.