من خلال محكمة القضاء الإدارى، تطلب الكنيسة الأسقفية الانفصال عن الطائفة الإنجيلية فى مصر، ورغم رفض المحكمة مطالب الانفصال إلا أن الدكتور منير حنا مطران مصر وشمال أفريقيا والقرن الأفريقى، قد كلف مستشاره القانونى بالطعن على ذلك، ولكن ما الأسباب الحقيقية التى دفعت الكنيسة الأسقفية للمطالبة بالانفصال؟، بعيدًا عن الأسباب الإدارية التى تسوقها الكنيسة الأسقفية لمطالبها، حيث تحظى الكنيسة بعضوية مجلس كنائس مصر كطائفة مستقلة عن الانجيلية وكذلك لديها أوراق ثبوتية تؤكد اعتراف الحكومات المتعاقبة بها منذ عهد محمد على، إلا أن الخلافات العقائدية بين الكنيستين هى السبب الحقيقى وراء مطلب الانفصال الذى يسعى له المطران منير حنا.
يقول القس رفعت فكرى عضو لجنة الاعلام بسنودس النيل الإنجيلى، أن الكنيسة الأسقفية تجمع بين الطقوس الكاثوليكية وبعض المبادئ البروتستانتية الإنجيلية فهى من ناحية تعتمد الطقس التقليدى أو الكاثوليكى بمعنى وجود أسقف وشمامسة وترتيب وظيفى للكهنة وشكل العبادة، لكنه فى الوقت نفسه تنتمى عقائديا للكنائس المصلحة كالكنيسة الإنجيلية، والتى قادت حركة إصلاحية كبيرة فى أوروبا على يد مارتن لوثر.
وأشار الموقع الرسمى للكنيسة الأسقفية فى مصر، إلى أن العزوبية والتعفف عن العلاقات الجنسية –دعوة مقدسة وهبة من الله، وعلى شعب الكنيسة أن يتذكر أن الذين دعاهم الله لمثل تلك الحياة، يحتاجون إلى صداقة ومشاركة وتعضيد جماعى على الكنيسة أن تتيحها لهم، وهى مبادئ كاثوليكية تعلى من شأن البتولية والرهبنة وعدم الزواج ولا تعترف بها الكنائس الإنجيلية.
الكنيسة الأسقفية (الإنجليكانية) انشقت عن كنيسة روما عام 1500 أى منذ أكثر من 500 عام والرئيس الروحى لها رئيس أساقفة كانتربرى، وهى تمتد فى أكثر من 200 دولة فى العالم، ويبلغ عدد أتباعها 85 مليونا على مستوى العالم، وفى مصر بدأت الكنيسة الأسقفية خدمتها عام 1800م، حين أعطى والى مصر محمد على باشا قطعة أرض للكنيسة فى ميدان المنشية بالإسكندرية لتكون أول كنيسة للطائفة، وهذه الكنيسة تسمى كاتدرائية القديس مار مرقس الذى بشر بالمسيحية فى مصر، حيث توجد 20 كنيسة أسقفية بجميع محافظات مصر و25 مؤسسة لخدمة المجتمع.