يتكون المجمع المقدس في الكنيسة القبطية الأرثوذكسية من البابا البطريرك رئيسا، ومن كل من أصحاب درجة الأسقفية، ومن رؤساء الأديرة والخورى إيسكوبسين ووكلاء البطريركية أعضاء.
وتنص اللائحة الداخلية للكنيسة القبطية الأرثوذكسية على أن عضوية المجمع المقدس هي عضوية مدى الحياة لجميع أصحاب الدرجة الأسقفية، ولباقى أعضاء المجمع بصفتهم.
وأوضحت اللائحة أنه يسقط من عضوية المجمع في جميع درجات الكهنوت بلا استثناء من يخرج عن قواعد الإيمان المسيحى السليم، أو من يقع في الهرطقة أو البدعة، أو من يصاب بالجنون أو من تنطبق عليه أحكام قوانين الكنيسة بالفرز أو القطع أو الحرمان، على أن يكون ذلك بحكم من المجمع المقدس في محاكمة رسمية حسب تقاليد الكنيسة، وتعطى له فرصة للدفاع عن نفسه، ويستثنى من ذلك إذا عاند وأصر على عدم الحضور، ويصدر في هذا الشأن حكم بصورة رسمية موقع عليها من أعضاء المجمع حسب لائحته الأساسية.