علق الدكتور محمد الشحات الجندى عضو مجمع البحوث الإسلامية، على الخلاف الدائر بين السلفيين وشخصيات ليبرالية، قائلا:" سواء السلفيين أو سيد القمنى وفاطمة ناعوت وإسلام بحيرى من حقهم أن يتكلموا فى بعض القضايا الخاصة بالدين شريطة أن يكون حديثهم فى هذه القضايا قائم على علم"، مضيفاً:" التخصص هو سمة العصر، كما أن مؤسسة الأزهر الشريف ذات رصيد دينى يجعلها مرجعية وسطية للعلوم الشرعية فإذا كان لدى هؤلاء رأى يدلون به دون الإساءة للأزهر".
وعن دعوة شخصيات سلفية لفاطمة ناعوت وسيد القمنى لمناظرات علانية، قال "الجندى" لـ"انفراد":" نأمل أن تكون المناظرة بين متخصصين ولا يتم الترويج لرأى محدد لأن هؤلاء بعضهم قليل العلم وليسوا متخصصين"، مضيفاً:"فاطمة ناعوت وسيد القمنى والشخصيات الليبرالية يتصورون أنفسهم يملكون أدوات العصر المطورة بينما السلفيين يمارسون نوعان من الاحتكار ويعثرون على الناس دينهم".
وقال عضو مجمع البحوث الإسلامية:" فكر فاطمة ناعوت وغيرها المتأثرين بالليبرالية، والفكر الليبرالى منه ما يتوافق مع الشرعية الإسلامية ومنه ما يتعارض لذلك يجب أن تكون المناظرات الخاصة بأمور الدين يجب أن تكون مع متخصصين".
وانتقد "الجندى" التيارات السلفية، قائلا:"السلفيون يؤمنون بالرأى الذى يعتمد على المتون والصياغات المجملة دون مراعاة المقاصد للشرعية الإسلامية وروحها التى توجد حلولا لمشكلات كثيرة" معلنا استعداده لمناظر ة كل من التيارات السلفية وفاطمة ناعوت وسيد القمنى.
وكان الشيخ محمود لطفى عامر الداعية السلفى، دعا الكاتب سيد القمنى، والكاتبة فاطمة ناعوت لمناظرة علانية، وانتقد ما صدر من تصريحات لسيد القمنى، وفاطمة ناعوت خلال الفترة الأخيرة، قائلا:" كلام هؤلاء يزيد من الإلحاد والإرهاب لأنهما يشككان فى مصادر الدين الإسلامى".