تعد المناطق الحرة في مصر نمطًا استثماريًا متميزًا كونها أحد أنظمة الاستثمار الخاضعة لأحكام قانون الاستثمار رقم 72 لسنة 2017 ولائحته التنفيذية والذي تشرف على تطبيقه الهيئة العامة للاستثمار والمناطق الحرة، وتتيح المنطقة الحرة 5 مزايا للمستثمرين، وهي:
1- خضوعها جميعًا للرقابة الجمركية والضريبية وفقًا للقواعد التي يصدر بها قرار من مجلس إدارة الهيئة العامة للاستثمار والمناطق الحرة بالتنسيق مع مصلحتي الجمارك والضرائب المصرية.
2- عدم خضوع البضائع التي تصدرها إلى خارج البلاد أو تستوردها من خارج البلاد لمزاولة نشاطها للضرائب الجمركية والضريبة على القيمة المضافة وغيرها من الضرائب والرسوم والإجراءات الجمركية الخاصة بالصادرات والواردات.
3- فيما عدا سيارات الركوب تعفى الضرائب الجمركية والضريبة على القيم المضافة وغيرها من الضرائب والرسوم، جميع الأدوات والمهمات والآلات ووسائل النقل الضرورية بجميع أنواعها واللازمة لمزاولة النشاط المرخص به للمشروعات الموجودة داخل المناطق الحرة بجميع أنواعها، ولو اقتضت طبيعة مزاولة هذا النشاط وضروراتها خروجها مؤقتًا من المنطقة الحرة إلى داخل البلاد وإعادتها إليها، وذلك بالنسبة إلى الأدوات والمهمات والآلات وفي الحالات وبالضمانات والشروط والإجراءات التي يصدر بها قرار من مجلس الوزراء بناءً على عرض الوزير المختص لشئون الاستثمار ووزير المالية.
4- عدم خضوع المشروعات داخل المناطق الحرة والأرباح التي توزعها لأحكام قوانين الضرائب والرسوم السارية في مصر.
5- وعاء الضريبة الجمركية للمنتجات المستوردة من مشروعات المناطق الحرة، والتي تشمل على مكونات محلية وأخرى أجنبية: هو قيمة المكونات الأجنبية بالسعر العائد وقت خروجها من المنطقة الحرة إلى داخل البلاد، بشرط ألا تزيد الضريبة الجمركية المستحقة على المكونات الأجنبية على الضريبة المستحقة على المنتج النهائي المستورد من الخارج.
وتتمثل المكونات الأجنبية في الأجزاء والمواد الأجنبية المستوردة حسب حالها عند الدخول إلى المناطق الحرة دون حساب تكاليف التشغيل بتلك المنطقة، وتعتبر المنطقة الحرة فيما يتعلق بحساب النولون بلد المنشأ بالنسبة للمنتجات المصنعة فيها.