كان لمحافظة كفر الشيخ منذ أقدم العصور التاريخية نصيب كبير من المساهمة فى تاريخ الحضارة المصرية وذلك لوجود مدينة "بوتو" والتى تعرف حالياً بتل الفراعين، حيث كانت أول عاصمة لأول دولة منظمة في مصر السفلى يهدف المتحف لعرض التاريخ الإقليمي والعديد من القطع الأثرية التي تم الكشف عنها بمحافظة كفر الشيخ.
يقع المتحف بجوار جامعة كفر الشيخ، ويتكون المبنى من قاعات العرض المتحفى وقاعات للتهيئة المرئية والتربية المتحفية والندوات، بالإضافة إلى مبني للخدمات يحتوى على مجموعة من الكافيتريات والبازارات.
تضم قاعات المتحف المقتنيات الأثرية التى تم العثور عليها بجبانة "بوتو العظيمة" ومنطقة المعابد والتى تم الكشف بها عن عدد من القطع الأثرية الهامة التى تجسد قصة الصراع بين حورس وعمه ست، بالإضافة للمواقع الأثرية الأخرى بكفر الشيخ ومنها تمثال للمعبود حورس الصقر من أروع التماثيل التي اكتشفت بمصر حتى الآن ويعتبر نسخة فريدة لا يضاهيها إلا مثيله بمعبد إدفو.
أما قاعة العرض الرئيسية، فتضم عدة قاعات مقسمة تقسيماً موضوعياَ وتاريخياً حسب العصور التاريخية المختلفة، بما فيها عصر الأسر الفرعونية والعصرين اليونانى والرومانى، بالإضافة إلى عصور الحكم البيزنطى والقبطى والإسلامى.
كما خصصت قاعة بالمتحف لعرض المقتنيات التي تجسد فترة استضافة مدينة سخا رحلة العائلة المقدسة أثناء زيارتها لمصر، بالإضافة إلى عرض تاريخ العلوم خلال العصور التاريخية المختلفة كالطب والبيطرة والصيدلة، وكذلك بعض الموضوعات ذات الصلة بمدينة فوه ذات التراث الإسلامي الثري، حيث يضم كافة التراث الثقافي لكفر الشيخ باعتبارها ثالث مدينة تراثية بعد القاهرة ورشيد.