تلعب قناة الجزيرة القطرية دورًا تخريبيًا في المنطقة، من خلال تقديم وسائل الدعم الكامل للتنظيمات المسلحة الإرهابية في العديد من دول المنطقة، بل وأصبحت المنبر الرسمي الذي يستضيف كل قيادات الإرهاب في المنطقة للترويج لأفكارهم أمام مختلف الدول، وأصبحت تلك الشاشة منبرًا لنشر الفتنة والإرهاب والعنف بالمنطقة، ورغم كم الجرائم التي ترتكبها قطر، إلا أنها تتغاضى عن كل الأمور المتعلقة بذلك وتواصل التحريض ضد الدول العربية الأخرى بهدف زعزعة الاستقرار.
وتحرص قناة الجزيرة القطرية دائمًا على تسخير كل إمكانياتها لتلميع عناصر الجماعات الإرهابية التي تهدد أمن واستقرار دول المنطقة، ولعل كان أبرز سقطاتها المهنية استضافة حسين محمد حسين، الذي عرفته القناة القطرية بأنه باحث في شئون الخلافة الإسلامية، والذي استهل حديثه على القناة القطرية قائلاً: "الحمد لله الذى شرفنى ببيعة أمير المؤمنين أبو بكر البغدادى".
كما اعتادت القناة استضافة القيادي الإرهابي بتنظيم القاعدة، عادل الحسني، وهو أحد أخطر العناصر الإرهابية، وتربطه علاقة قوية بقطر لتهديد استقرار اليمن من خلال توفير الدعم الكامل له وتلميعه عبر قناة الجزيرة القطرية لمهاجمة الدول العربية وعلى رأسها الإمارات والسعودية، وإطلاق التهديدات عبر منبر الجزيرة القطرية للدول العربية وتهديد استقرار اليمن.
مسيرة الإرهابي عادل الحسني، وشقيقه القيادي بجماعة الإخوان الإرهابية، الذي ساعده في الهروب من اليمن والوصول إلى قطر، والعمل على توفير الدعم له واستضافته بشكل مستمر عبر شاشة الجزيرة القطرية، لإطلاق التهديدات ضد التحالف العربي لدعم الشرعية، وخطاباته التهديدية ضد التحالف وتهديد الاستقرار في اليمن.
وأظهر فيلم وثائقي عرضته قناة الجزيرة القطرية بعنوان "اغتيال فرج فودة" بمناسبة الذكرى الثامنة والعشرين لاغتياله، سقوطًا مدويًا للقناة بعد أن أرادت التسويق إلى أن المفكر المصري يستحق القتل بزعم أنه علماني متطرف بينما حاولت تبرئة قتلته.
وتدعم القناة القطرية تنظيم القاعدة بكل أذرعه أفغانستان واليمن والعراق وسوريا وليبيا، وتوسعت في دعم الإرهاب فشملت تنظيم داعش الإرهابي وتنظيم الإخوان وميليشيات الحوثي، وعقدت اللقاءات مع القادة من كل معسكر إرهابي وحولت الإرهابيين من مطاردين إلى نجوم شاشات فضائية.
واختص زعيم تنظيم القاعدة السابق أسامة بن لادن قناة الجزيرة لإجراء المقابلات معه والتي كانت دائما ما تكون في مناطق جبلية أو مخابئ سرية تحت الأرض، ما يشير إلى وجود ثقة متبادلة بين التنظيم الإرهابي والقناة حيث كان بن لادن يخفي عن الجميع مكان اختبائه خاصة بعد أن أعلنت الولايات المتحدة الأمريكية البحث عنه لقتله.
وكانت أبرز مقابلات بن لادن مع الجزيرة هي تلك التي أجراها مراسلها بأفغانستان "تيسير علوني" عام 1998 والتي تحدث فيها زعيم تنظيم القاعدة عن الأوضاع بالعالم عقب الغزو الأمريكي لأفغانستان، وفي عام 2001 انفردت القناة الجزيرة ببث فيلم تسجيلي لأسامة بن لادن وإلى جانبه أيمن الظواهري خلال الاحتفال بتخريج دفعة جديدة من مقاتلي القاعدة، وقالت الجزيرة إن الاحتفال كان أيضا بمناسبة الإعلان عن اتحاد التنظيمين.
وفى وقت سابق نشر الموقع الإلكتروني لقناة الجزيرة مقالاً يدافع عن الإرهابي هشام عشماوي ويؤيد أفكاره ويدافع عن الأعمال الإرهابية ويصفها بأنها "مقاومة مسلحة"، إلا أنها اضطرت لحذف المقال فيما بعد زاعمة أن ما حدث كان خطأ مهنيا فرديا، إلا أن هذا الخطأ الفردي، يأتي بعد أيام من فضيحة أخرى للجزيرة، إثر قيامها بتمجيد قاسم سليماني، القائد السابق لفيلق "القدس" التابع للحرس الثوري الإيراني، المصنف إرهابيا، والمتورط في إراقة دماء الكثير من الأبرياء حول العالم، وخصوصا في سوريا واليمن والعراق ولبنان.