بعد عامين كاملين من المشاورات والمجادلات بين الدولة والكنيسة، وصل قانون بناء الكنائس إلى البرلمان محطته الأخيرة قبيل إقراره، وذلك بعدما شهد المشروع 14 مسودة وشد وجذب بين المستشار مجدى العجاتى وزير الشئون القانونية والنيابية وممثل الدولة وبين الأنبا بولا ممثل الكنيسة القبطية وزميليه ممثلى الأرثوذكسية والانجيلية.
وقع الأنبا بولا أمس مسودة مشروع القانون الذى لاقى قبولًا كنسيًا، حيث تم التوافق على كافة بنوده الأمر الذى دفع الأسقف المسئول عن علاقات الدولة والكنيسة لتوجيه الشكر للرئيس السيسى أثناء لقائه بالبابا تواضروس والقيادات الكنسية منذ أيام.
خرج القانون فى ثمان مواد، خمسة مواد أساسية وثلاثة مواد للإصدار، تضع المادة الأولى منه تعريفًا للكنيسة وصحن الكنيسة ومحتوياتها، وتمنح المادة الثالثة المحافظ الحق فى البت فى طلب الحصول على رخصة كنيسة الذى تقدمه الرئاسة الكنسية المختصة، وهى كلها مواد حظيت بتوافق الدولة والكنيسة.
أما المادة الخامسة، تعتبر من بين المواد الخلفية حيث اشترطت حصول الكنيسة على تصريح لا مانع من الجهات التنفيذية قبل الشروع فى بناء الكنيسة، وهو الأمر الذى استنكره البابا حين أكد فى لقائه بالنواب إنه لن يسمح لجهات معينة ويعنى الجهات الأمنية بالتحكم فى بناء الكنائس مهددًا برفض القانون ثم عادت الكنيسة وأكدت على توافقها مع الدولة دون أن تكشف عن الأسباب وراء ذلك.
المادة الثامنة أيضًا من ضمن المواد الخلافية حيث منحت الكنائس الحق فى ترخيص كافة الكنائس غير المرخصة شرط التأكد من سلامة البناء، وهى مادة حظيت بجدل قبطى واسع حيث كانت مسودة القانون تشترط ضرورة اثبات اقامة الشعائر فى الكنائس غير المرخصة كشرط لحصولها على الترخيص، وهو الأمر الذى الغته النسخة النهائية من القانون لصالح كافة الكنائس غير المرخصة، فحظى بقبول عام رغم اشتراطه الغاء الترخيص حال التوقف عن اقامة الصلوات.
يقضى قانون بناء الكنائس الجديد حال صدوره على ما يقرب من نصف المشاكل الطائفية التى كانت أزمة بناء الكنائس عاملًا أساسيًا فيها، كما يلغى أيضًا القانون القديم المعروف باسم الخط الهمايونى الذى يعود لعصر الدولة العثمانية والذى كان يمنح رئيس الدولة الحق فى بناء الكنيسة، ولكنه يعطى الجهات الأمنية الحق فى النظر فى التراخيص تحسبًا لوقوع أى أحداث وهو الأمر الذى اعتبره الأمين العام لمجلس كنائس مصر القس رفعت فكرى منطقيًا، حيث أكد لـ "انفراد" استحالة تهميش دور الأمن وازاحته جانبًا فى هذا الملف مع التأكيد على عدم منحه كامل السلطة فى قضية تراخيص الكنائس.
يعتبر قانون بناء الكنائس، من الاستحقاقات الدستورية التى نص عليها الدستور الجديد، واشترط اقراره فى الفصل التشريعى الأول لانعقاد البرلمان.