ككل المؤسسات الدينية، لم تحسم الكنيسة موقفها من ثورة 25 يناير فى يومها الأول، فقابلت الدعوة لاحتجاجات الشباب بالرفض، وأمرت بالصلاة من أجل مصر، وحثت شبابها على الابتعاد وهو ما لم يستجب له الشباب القبطى، ثم تصاعدت الاحتجاجات وصارت يناير ثورة حقيقية انضم لها كل فئات الشعب المصرى، فباركها البابا شنودة وأصدر بيانًا تاريخيًا فى فبراير بعد تنحى الرئيس المخلوع مبارك، ووصفها بالثورة البيضاء.
وعقدت "اللجنة المصغرة" للمجمع المقدس والمكونة من 9 أساقفة من الكنيسة القبطية اجتماعا آنذاك، خرج منه البيان الذى جاء فيه "إن الكنيسة تحيى شباب (25 يناير) الذى قاد مصر لثورة قوية بيضاء، وبذل فى سبيل ذلك دماء غالية لشهداء الوطن الذين مجدتهم مصر قيادة وجيشا، بل مجدهم الشعب كله ونحن نعزى أهلهم وأفراد أسرهم".
المفكر القبطى كمال زاخر، مؤسس التيار المسيحى العلمانى، قرأ موقف الكنيسة من الثورة، وقال: إن الثورة تغير حدث فجأة، وجاء ليصطدم مع المؤسسة التقليدية التى ترتبط بنسق معين، وطبيعة هادئة، ليس لديها قدرة على التعامل مع المفاجآت وما حدث فى يناير كان مفاجأة وكانت مواجهة ذلك تتجاوز قدرة المؤسسة الدينية.
وأوضح "زاخر"، أن طموحات الشباب الذين خرجوا يوم الخامس والعشرين من يناير لم تكن تغيير النظام من البداية، وإنما تصاعد هذا السقف مع تداعيات الأحداث وسقوط شهداء يوم جمعة الغضب لذلك هى ثورة شعبية، ومن ثم فإن الكنيسة حذرت من الخروج قبل أن يتضح لها معالم الحدث مضيفًا: لا نستطيع قراءة المشهد المؤسسى الكنسى بعيدا عن هذا التحليل، وحين تطور الأمر وأصبح واقع صدر بيان يبارك الحركة والثورة من أجل الوطن.
وعلى مستوى الكنائس الإنجيلية، فإن كنيسة قصر الدوبارة الواقعة بالقرب من ميدان التحرير والتى يلقبها الثوار بأيقونة الثورة، احتضنت المستشفى الميدانى الذى عالج مئات المصابين فى الأحداث، وقدمت المعونات والإعاشة والأدوية للثوار، وخرج راعيها الدكتور سامح موريس يدًا بيد مع الشيخ مظهر شاهين إمام مسجد عمر مكرم المواجه للكنيسة فى طليعة المظاهرات، وهو الأمر الذى يرجعه زاخر إلى موقع الكنيسة الجغرافى الذى دفعها للانضمام للثورة بدوافع إنسانية قبل أن تكون سياسية بالإضافة إلى وجود القس سامح موريس راعى الكنيسة وهو طبيب فى الأصل مارس دوره الإنسانى فى علاج المصابين.
الأب وليم سيدهم اليسوعى، مدير جمعية الجيزويت النهضة العلمية والثقافية التابعة للكنيسة الكاثوليكية، كانوا من أوائل من انضموا للثورة أيضًا حتى إنه قاد مجموعات من الشباب القبطى الذين يتعاونون مع الجمعية فى مسيرات حاشدة من شارع رمسيس إلى التحرير، ثم أصدر هذا العام كتابه التوثيقى يوميات كاهن فى الثورة.
يقول اليسوعى عن كتابه وذكرياته فى الثورة، الكتاب هو محاولة لإبراز جزء زمنى مهم عشته أنا ككاهن وراهب فى ثورة 25 يناير، فقد كنت يوميا أكتب على صفحتى على الفيسبوك وجهة نظرى فى أحداث الثورة، وبعد تنحى مبارك شعرت بسعادة حقيقية بعدما انتظرنا هذا قبل ذلك بعدة سنوات.
ويؤكد كمال زاخر، أن انضمام وليم اليسوعى إلى ثورة يناير من بدايتها نتاج طبيعى لأفكاره وانتمائه لفلسفة لاهوت التحرير وجمعية الجيزويت التى تؤمن بالتغيير المجتمعى عن طريق الفن والثقافة، لذلك فما فعله كان اتساقًا مع أفكاره التى عاش يدافع عنها سنوات طويلة.