توجه «رياض باشا» رئيس مجلس النظار«الوزراء»إلى الخديوى عباس حلمى الثانى، ليناقشه فى مسألة قراره بنفى البابا كيرلس الخامس، بطريرك الكنيسة الأرثوذكسية، وحسب صلاح عيسى فى كتابه «حكايات من دفتر الوطن» «مكتبة الأسرة–القاهرة»، فإن المناقشة بينهما وصلت إلى درجة من الحدة، حتى قال رياض باشا: «أنت يا أفندينا لا تملك حق نفى فرد بسيط من الأفراد إلا بحكم يصدر من المحكمة، فكيف تأمر بنفى رئيس دينى جليل المقام يماثل بابا روما، وكيف يكون موقف سموكم لو التجأ للمحاكم، فألقى الخديوى بالتبعية كلها على مستشاريه من الأقباط، وخاصة «بطرس باشا غالى»، وطلب من رياض باشا حل الأزمة.
عاش «كيرلس الخامس» مائة وثلاثة أعوام«1824_1927»، وهو صاحب أطول فترة رئاسة للكنيسة الأرثوذكسية من عام 1874 إلى 1927«بتأكيد الدكتور غالى شكرى فى كتابه»الأقباط فى وطن متغير «كتاب الأهالى–القاهرة»،وحسب صلاح عيسى:«كان فى الذاكرة الشعبية هو الرجل الذى أسهم بفعالية خلال الثورتين الكبيرتين 1882 و1919، فى صياغة موقف الأقباط»، ففى الثورة العرابية، وقع على القرار الذى صدر عن الاجتماع الوطنى فى حضور عرابى وبدعوة منه بالاستمرار فى المقاومة المسلحة للاحتلال البريطانى،ورفض أوامر الخديوى ومجلس وزرائه بالانضمام إلى الاحتلال»، كما كانت له مواقفه الوطنية المشهودة أثناء ثورة 1919.
أثار قرار الخديوى عباس الثانى، بعزله ونفيه إلى دير البير موسى، ونفى مطران الإسكندرية الأنبا يؤانس إلى دير الأنبا بولا يوم 27 أغسطس 1892، اهتمام المصريين وأزمة كبيرة بين المسيحيين، ويوضحها غالى شكرى، مشيرًا إلى أن الخديوى إسماعيل، أمر بتشكيل أول مجلس ملى للأقباط فى فبراير عام 1874، وفى مايو 1882 صدر قانون بتحديد العلاقة بين المجلس والكنيسة، والمجلس يتكون من أعضاء علمانيين لرعاية الشؤون المدنية للكنيسة، كالأوقاف والمدارس والمطابع وسجلات الزواج والتعميد والوفيات والانفصال الجسدى والطلاق والوصايا والميراث، وفى منتصف 1891 طلب بعض أعيان الأقباط من البابا كيرلس تجديد تشكيل المجلس وإحيائه، فرفض مؤكدًا أن «لائحة المجلس تجافى قوانين الكنيسة، وفى صيف 1892 توجه بطرس غالى باشا إلى الإسكندرية للقاء الخديوى عباس الذى بدأ حكمه لمصر فى يناير فى نفس العام، وناشده بإعادة تشكيل المجلس وصدرت الأوامر، وجرت الانتخابات فى حراسة الشرطة ونجح فيها«غالى»، لكن«البابا»رفض هذه الانتخابات،واعتبرها«خروجًا على تعاليم المسيحية»،واتهم أطرافها بأنهم«يهدفون إلى سلب أموال الكنائس والأديرة وتفريق أبناء الملة»،ومضى البابا فى معركته حتى قرار عزله ونفيه،ويذكر«عيسى»دراما ترحيله إلى المنفى، مشيرًا إلى تجمع الناس حزانى، وهم يرون حبرين جليلين«البابا والأنبا يؤانس»إلى المنفى فى حراسة الشرطة،وفى محطة دمنهور نزل البابا ليستقل قطارًا إلى كفر الدوار، فقابلته جماهير المسلمين والأقباط بالهتاف والتحية، وتقدم منه«حمزة بك_شيخ مشايخ عربان البحيرة، ووضع نفسه فى خدمته وقبل الجميع يده وهم يبكون».
غضب المسيحيون مما حدث لرمزهم الدينى الأول،وتجلت مظاهر الغضب فى هجرة الأقباط لكنائسهم،وحسب عيسى:«عند الاحتفال بعيد الصليب لم يحضر فى كنيسة الملاك البحرى سوى ستة أشخاص،مع أن العادة كانت قد جرت بأن هذا العيد مهرجان ضخم تمتلئ فيه هذه الكنيسة بالآلاف،وفى هذا العيد لم يذهب الناس كعادتهم إلى دير العريان بالمعصرة لذبح الذبائح،وأقفلت الكنائس تمامًا ككنيسة الزقازيق،ونضبت إيرادات البطريركية».
تغيرت وزارة مصطفى فهمى باشا، التى وقعت الأزمة فى عهدها،وجاء رياض باشا رئيسًا للحكومة الجديدة،وحسب عيسى:«كان أول ما فعله أن استدعى رؤساء الطائفة القبطية وناقشهم فى الأمر،ثم توجه إلى الخديوى وناقشه،وفى المناقشة ألقى بالتبعة على مستشاريه من الأقباط وخاصة بطرس غالى باشا،وطلب من رياض حل الأزمة،وبعد مناقشات مرهقة توصل «رياض إلى حل قدمه له قلينى فهمى باشا،ويقضى بأن يتقدم المجلس الملى بالتماس إلى رئيس الوزراء يرجو فيه الحكومة إعادة البابا لمنصبه،فهذه طريقة تحفظ للمجلس كرامته وترضى غبطة البابا،وأن يعد استقبال طيب للبطريرك ويمنح الخديوى«الوشاح المجيدى»أكبر وسام،وبالرغم من معارضة البابا لهذا الحل إلا أن الخديوى أصدر قراره بالعفو عن البابا والأنبا يوأنس يوم 31 يناير،«مثل هذا اليوم» 1893، بناءً على اقتراح المجلس الملى.
