كمن يدمن ملاحقة الصحف وعدسات الفضائيات، يخرج القمص مكارى يونان من وقت إلى أخر بواقعة مثيرة للجدل تعيده إلى دائرة الضوء مرة أخرى وتصنع منه دور البطل الشعبى الذى يحب أن يلعبه، فمرة يدعى ظهور المسيح فى أحد عظاته، وثانية يزعم قدرته على الشفاء من مرض السكر، وثالثة يتزعم الحرب المقدسة ضد أعداء المسيحية فيتبنى خطابًا أكثر تطرفًا من خطاب سالم عبد الجليل الذى وصف المسيحية بالعقيدة الفاسدة فانتفضت الدولة كلها ضده، بالإضافة إلى شهرة القمص الواسعة فى طرد الأرواح الشريرة وإخراج الجن والشياطين حيث يلاحقه آلاف المسلمين والأقباط من أجل تلك السمعة.
القمص مكارى يونان، ارتدى ثوب البطولة وأراد أن يدافع عما اعتبره إساءة للمسيحية فأظهر تطرفًا واجهه المسلمون المعتدلون بكل حسم حين صدر عن أحدهم حتى أن عبد الجليل منع من الخطابة تمامًا بأمر الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف، وهو الأمر الذى يضع البابا تواضروس فى موقف محرج أمام الرأى العام فهو من ناحية مطالب بإيقاف الكاهن بسبب تصريحاته ليتوازى رد فعله مع موقف الدولة الرادع، ومن ناحية أخرى يخشى البابا تواضروس الغضب القبطى العارم إذا ما تم إيقاف كاهن يتمتع بشعبية واسعة مثل يونان.
فى يوليو عام 2015، جدد يونان أزمة "الظهورات المقدسة" أحد أهم القضايا الخلافية فى العقيدة المسيحية، بعدما دعا سيدة خلال عظته الأسبوعية بالكنيسة المرقسية الكبرى بالأزبكية لتروى شهادتها عما قالت إنه ظهور للسيد المسيح على شاشة فضائية الكرمة المسيحية، وعلق على حديثها باكياً بعبارة "المسيح حاضر وسطينا" مما دفع الحضور للتصفيق، وهو الأمر الذى أثار جدلًا واسعًا بين الأوساط الكنسية، وعلى مواقع التواصل الاجتماعى بين مؤيد لرواية القمص، ومن يرى أن القناة لجأت إلى تقنيات الجرافيكس والمونتاج لإظهار المسيح على شاشتها ومن ثم زيادة نسب الإقبال والمشاهدة، واستمر الجدل حين تراجع القس عن تصريحاته بعد ضغوط الأقباط ممن اتهموه بالفبركة.
القمص تراجع عن تصريحاته بعدما أحرجته الكنيسة بشكل رسمى، وقال متحدثها الرسمى القس بولس حليم بشكل صريح: إن اعتراف الكنيسة بظهور المسيح يتطلب تشكيل لجنة من المجمع المقدس وهو السلطة العليا بالكنيسة، ومن ثم فإن الكنيسة غير مسئولة عن أى شخص يدعى غير ذلك.
أمام موقف الكنيسة الحاسم عاد "يونان" وأدعى أن عبارته المسيح حاضر وسطينا عبارة مجازية استخدمها للتأكيد على حضور السيد المسيح فى الكنيسة وهو ما لا يمكن فهمه من سياق الحديث نهائيًا، ثم عاد وانقلب على نفسه وقال المسيح حاضر ويملأ كل مكان، ومن يدعى أن المسيح ظهر إنسان جاهل، فالمسيح معكم، لماذا تلهثون وراء صورة وتبحثون هل هى مونتاج أم صورة حقيقية؟
يشتهر مكارى يونان بما يدعيه من قدرات هائلة على فك السحر والأرواح الشريرة والأعمال السفلية مما يجعله أحد أشهر الكهنة فى عموم الكرازة المرقسية.