ربما كان الرئيس الراحل محمد نجيب هو الخصم الأبرز للأستاذ، وحالة العداء المتبادلة بينهما كانت حاضرة أمام الجميع لا يغفلها أحد حيث اعتاد الطرفان على تبادل الهجوم والاتهامات، البداية كانت للمعلومة التى روجها هيكل بشأن جنسية والدة محمد نجيب السودانية، التى تجعل صفات الترشح للرئاسة لا تنطبق عليه وبالتالى فهو لا يصلح للاستمرار فى رئاسة مصر بدلا من اعضاء مجلس قيادة الثورة.
يقول الكاتب الصحفى أحمد المسلمانى فى مقال صحفى حديث له، إن هيكل لم يكتف بالمعلومة السابقة بل روج أيضا أن نجيب تلقى أموالا من المخابرات الأمريكية، وذلك فى كتابه عبد الناصر والعالم، إلا أن الأخير قام بمقاضاته وصدر حكم القضاء لصالحه مما دفع هيكل للاعتذار له فى صفحات جريدة الأهرام عام 1972.
وجاء الاتهام السابق من قبل هيكل ليرد به على الاتهام الذى وجهه له نجيب فى البداية، والخاص بعمالة هيكل لجهاز مخابرات أجنبى، وفى كتابه "الأوراق السرية لمحمد نجيب" يقول الكاتب الصحفى محمد ثروت شواهد أخرى على توتر العلاقات بين الطرفين ، وهى عندما قام رئيس مصر الأول بنشر كتاب بعنوان كلمتى للتاريخ فقام هيكل بالرد عليه فى مقال ساخر بالأهرام بعنوان "شبح من الماضى" مما أثار حفيظة نجيب وقرر الرد عليه وطلب نشره فى الأهرام إلا أن هيكل قام بنشره فى صفحة الوفيات وفقا لشهادة الكاتب والإعلامى أحمد المسلمانى، وفى النهاية رحل نجيب قبل أن تهدأ العلاقة بينه وبين هيكل.