يقع على عاتق شرطة البيئة والمسطحات المائية العديد من المسئوليات والاختصاصات لحفظ الأمن، أبرزها:
- تأمين خطوط الملاحة والرى بهدف مكافحه تلوث البيئة بنهر النيل، والمناطق البحرية أو البرية التى يوكل للإدارة العامة مهمة تأمينها وذلك بالتنسيق مع الأجهزة المعنية.
- منع وضبط الجرائم التى تقع بالمخالفة لقانون الرى والصرف والملاحة.
- ضبط مخالفات العائمات والوحدات النهرية التي تلقى بمخلفاتها بالمجارى المائية واتخاذ الإجراءات القانونية فى مواجهتها.
- رصد وضبط كافة مظاهر تلوث البيئة الأرضية (إلقاء مخلفات صلبة، خطرة، ومواد ضارة، ونفايات. إلخ)، واتخاذ الإجراءات القانونية حيال المخالفين.
- رصد وضبط كافة مظاهر التلوث السمعي الناجم عن الضوضاء الصادرة من مكبرات الصوت وأجهزة التسجيل خاصة بالمنشآت والعائمات السياحية، وكذا العائمات بنهر النيل على اختلاف أنواعها، واتخاذ الإجراءات القانونية حيال المخالفين
- رصد وضبط كافة مظاهر التلوث الهوائي .. ومواجهة الظواهر البيئية الضارة (مثل ظاهرة السحابة السوداء بالعاصمة) والحد من آثارها السلبية، من خلال تكثيف الحملات للقضاء على أسبابها (خاصة عوادم السيارات، وأدخنة المصانع، والمسابك، الفواخير، وقمائن ومصانع الطوب، والأنشطة التجارية ")، وذلك بالتنسيق مع الأجهزة المختصة (وزارة البيئة – المحليات –– شرطة الحماية المدنية).
- إجراء التفتيش البيئي الدوري والمفاجئ على المنشآت الصناعية والمحاجر للتأكد من التزامها بالاشتراطات البيئية، ومطابقة الانبعاثات الغازية للحدود القياسية المسموح بها
- تنظيم المزارع السمكية، واتخاذ كافة الإجراءات القانونية بشأنها، بالتعاون مع الأقسام والفروع الجغرافية التابعة للإدارة وبالتنسيق مع مديريات الأمن الواقع في اختصاصها المسطحات المائية
- تنفيذ القرارات الإدارية الصادرة من الجهات الإدارية المعنية بشأن إزالة أية تعديات على كافة المسطحات المائية وشواطئها بهدف المحافظة على الثروة السمكية
- مكافحة أساليب صيد الأسماك المخالفة والتي تتمثل في الحرف غير القانونية التي تستخدم في الصيد وتؤدي في النهاية الى القضاء على زريعة الأسماك وهدم البيئة السمكية
- التنسيق والتعاون الكامل مع أجهزه وزاره الزراعة القائمة على حمايه الرقعة الزراعية وضبط المخالفات الخاصة بالتعدي على الأراضي الزراعية سواء بالتجريف أو التوبير أو البناء أو التشوين للحفاظ علي خصوبتها، وضمان جودة وزيادة المنتجات الزراعية الداعمة للاقتصاد القومي واتخاذ الإجراءات القانونية حيال المخالفين مع إيقاف الأعمال المخالفة.
- تأمين الجهات الإدارية أثناء قيامها بتنفيذ قراراتها
- مراقبة حركة التصنيع والتداول والاتجار غير المشروع في مستلزمات الإنتاج الزراعي والحيواني والداجن
- التفتيش على محلات ومنافذ تداول التقاوي والبذور وتوزيعها وبيعها وضبط غير المرخص منها.
- التفتيش على المصانع والمحلات المرخص لها بتصنيع وتداول الأعلاف وضبط غير المرخص منها.
- التفتيش على العيادات البيطرية المرخص لها وتنفيذ قرارات إغلاق للمخالف منها.
- السيطرة على الأمراض الوبائية للثروة الحيوانية والداجنة
- ضبط غير المرخص له بتداول وتصنيع الأدوية البيطرية بالاشتراك مع مديريات الطب البيطري.
- الاشتراك في اللجنة المشكلة بقرار من وزير الزراعة لإعدام أو إعادة التصدير للشحنات غير المطابقة للمواصفات والتي لا تصلح للتداول