تلعب هيئة النيابة الإدارية دورًا كبيرًا فى معركة الوطن ضد الفساد وفقًا لما تتمتع به من استقلالية وحيادية، حيث تتفرد الهيئة من بين أجهزة الدولة المتعددة المختصة بمكافحة الفساد باعتبارها هيئة قضائية وفى تقديمها ضمانات جوهرية للموظف العام تضمن حيدة التحقيق ونزاهته.
وتعد هيئة النيابة الإدارية حاملةً أمانة القضاء التأديبى فى مصر، مبتغية من رسالتها إصلاح الجهاز الإدارى للدولة، والذى يبقى دائماً وأبداً هو معيار تقييم المواطن البسيط ورجل الشارع العادى لأداء أى حكومة فالمواطن البسيط قد لا يُبالى بالأداء السياسى للدولة خارج حدودها، ولكنه يُظهر اهتماماً بالغاً بأداء الدولة داخل المصالح الحكومية، وكيفية تصديها للفساد المستشرى فى جسد الجهاز الإدارى، وقدرتها على استئصال ذلك الورم الخبيث ومن هنا تظهر أهمية الدور الذى تلعبه النيابة الإدارية فى محاربة ومكافحة الفساد.
وتمتلك هيئة النيابة الإدارية عدة آليات لمكافحة الفساد وكافة صوره المختلفة بالجهاز الإدارى للدولة والتى من بينها:
ما يتمتع به عضو النيابة الإدارية من حيادية واستقلال عن الجهة الإدارية؛ مما يوفر للموظف ضمانة جوهرية هى تمتعه بالحق فى مساءلة عادلة، ونزيهة، منذ اللحظة الأولى فى التحقيق؛ لإدراكه التام انه أمام جهاز قضائى يباشر عمل قضائى بمنأى عن الجهة الإدارية ما يتَبعُه عضو النيابة الإدارية من إجراءات قضائية وقانونية خلال الاستجواب، وسماع الشهود، وفحص الأدلة، وجمعها، وإجراء معاينات، وتشكيل لجان، ومواجهة المتهم بما يُسند إليه، لاسيما مع افتقادنا لقانون إجرائى فى المجال التأديبي، مما يجعل من ضمير القاضى التأديبى وسعيه للعدل هو الضمانة الأهم للموظف المتهم.تمتلك النيابة الإدارية نظرة أكثر شمولاً وأكثر عمقاً من تلك التى تمتلكها النيابة العامة فيما يخص المخالفات والجرائم التأديبية، فهى لا تكتفى بتحديد المسئولية وتوقيع العقاب على الجناة، بل تتقصى وتقتفى جذور الخلل والعوار الذى أفضى إلى وقوع مثل هذه المخالفات والجرائم، ولا تقف عند هذا الحد بل تبدأ فى صياغة الحلول العملية والتشريعية للحد من الفساد.