تمتلك هيئة النيابة الإدارية عدة آليات لمكافحة الفساد وكافة صوره المختلفة بالجهاز الإدارى للدولة، وذلك باعتبارها حاملةً أمانة القضاء التأديبى فى مصر، بهدف إصلاح الجهاز الإدارى للدولة، فالجهاز الإدارى فى الدولة يعتبر دائما هو معيار لتقيم المواطن العادى الذى يحتك به كل يوم سواء فى معاملات إنهاء أوراق أو إنهاء أى نوع من أنواع المعاملات، لذلك يتعرض المواطن البسيط لكثير من السلبيات التى يجدها من بعض موظفى الجهاز الإدارى، وعلى هذا تعمل النيابة الإدارية على مكافحة كافة صور الفساد والإهمال الإدارى وبتره من داخل الجهاز الإدارى للدولة.
وتلعب هيئة النيابة الإدارية دورًا كبيرًا فى معركة الوطن ضد الفساد وفقًا لما تتمتع به من استقلالية وحيادية، حيث تتفرد الهيئة من بين أجهزة الدولة المتعددة المختصة بمكافحة الفساد باعتبارها هيئة قضائية وفى تقديمها ضمانات جوهرية للموظف العام تضمن حيدة التحقيق ونزاهته، وذلك من خلال عدة إجراءات قانونية صارمة كفلها وضمنها قانون الهيئة خلال مراحل التحقيق مع الموظف وصولا للمحكمة التاديبية، يمكن عرضها فى النقاط التالية:
الرقابة والفحص:
يتخذ قسم الرقابة والفحص كافة الوسائل اللازمة لتحرى المخالفات الإدارية والمالية والكشف عنها، وله الاستعانة برجال الشرطة والموظفين الذين يندبون للعمل معه، حيث يحرر محضر يتضمن ما تم إجراؤه والنتيجة التى أسفر عنها، ولا يجوز إجراء المراقبة الفردية إلا بإذن كتابى من مدير النيابة الإدارية، أو من يفوضه من الوكلاء العاملين.
إذا أسفرت المراقبة عن أمور تستوجب التحقيق أحيلت الأوراق إلى قسم التحقيق بإذن من مدير النيابة الإدارية أو من الوكيل المختص بقسم الرقابة.
مباشرة التحقيق:
يسمح لعضو النيابة الإدارية عند إجراء التحقيق، الإطلاع على ما يراه لازما من الأوراق بالوزارات والمصالح، وله أن يستدعى الشهود ويسمع أقوالهم بعد حلف اليمين.وتسرى على الشهود الأحكام المقررة فى قانون الإجراءات الجنائية، للتحقيق بمعرفة النيابة العامة، بما فى ذلك الأمر بضبط الشاهد وإحضاره.
يجوز للموظف أن يحضر بنفسه جميع إجراءات التحقيق إلا إذا اقتضت مصلحة التحقيق أن يجرى فى غيبته.يجوز لمدير النيابة الإدارية أو من يفوضه من الوكلين فى حالة التحقيق، أن يأذن بتفتيش أشخاص ومنازل الموظفين المنسوبة إليهم المخالفة المالية أو الإدارية، إذا كانت هناك مبررات قوية تدعو لاتخاذ هذا الإجراء.
ويجب فى جميع الأحوال أن يكون الإذن كتابيا وأن يباشر التحقيق أحد الأعضاء الفنيين، على انه يجوز لعضو النيابة الإدارية فى جميع الأحوال أن يجرى تفتيش أماكن العمل وغيرها، مما يستعمله الموظفون الذين يجرى معهم التحقيق فى أعمالهم، ويجب أن يحرر محضر بحصول التفتيش ونتيجة ووجود الموظف أو غيابه عند إجرائه.
لمدير النيابة الإدارية أو أحد الوكيلين، أن يطلب وقف الموظف عن أعمال وظيفته إذا اقتضت مصلحة التحقيق معه ذلك.ويكون الوقف بقرار من الوزير أو الرئيس المختص، فإذا لم يوافق الرئيس المختص على وقف الموظف وجب عليه إبلاغ مدير النيابة الإدارية بمبررات امتناعه وذلك خلال أسبوع من طلبه، لا يجوز أن تزيد مدة الوقف عن ثلاثة اشهر إلا بقرار من المحكمة التأديبية المختصة.يترتب على وقف الموظف عن عمله وقف صرف مرتبه ابتداء من اليوم الذى أوقف فيه ما لم تقرر المحكمة صرف المرتب كله أو بعضه بصفة مؤقتة إلى أن تقرر عند الفصل فى الدعوى التأديبية ما يتبع فى شأن المرتب عن مدة الوقف سواء بحرمان المرتب منه أو بصرفه إليه كله أو بعضه.