بحسب مواد القانون فليست كل الجرائم يصلح لها صدور قرار "عفو رئاسى"، حيث لا يسرى قرار العفو على الجرائم المنصوص عليها فى قانون الشركات العاملة فى مجال تلقى الأموال لاستثمارها، والجرائم المنصوص عليها فى قانون الطفل، والجناية المنصوص عليها فى قانون مكافحة غسيل الأموال.
قرار العفو أشترط على المحكوم عليه، أن يكون حسن السير والسلوك أثناء تنفيذه فترة العقوبة، كما أشترط قرار العفو ألا يكون هناك خطر أو ضرار على الأمن العام، كما يجب أن يفى بالالتزامات المالية المحكوم بها عليه.
قطاع السجون رهن قرار وزارة الداخلية:
يجرى تنفيذ قرار العفو الرئاسى من قبل قطاع السجون، بعد قرار وزارة الداخلية، واعتماده من مجلس الوزراء، ووزارة العدل، ثم يتم إرساله إلى رئاسة الجمهورية للتصديق عليه.
كما يجرى تشكيل لجنة من مصلحة السجون، والتى تضم عددًا من الضباط من مختلف الإدارات بوزارة الداخلية "الأمن العام، وأمن الدولة، والأموال العامة"، وذلك لفحص ملفات النزلاء، كل على حدة، لتحديد مستحقى العفو منهم، استعدادًا لتطبيق قرار العفو، ويتم بعد ذلك عقب العفو عنهم متابعتهم فى دوائرهم من خلال الأقسام التابعين لها.
العفو الشرطى:
يكون بعد قضاء ثلاث أرباع مدة السجن، ويتقدم المسجون بطلب، وتحدد الشرطة ما إذا كان لا يمثل خطورة على المجتمع وأن سلوكه جيد وحسن السمعة أم لا، وللنيابة أن تعيد المسجون إلى الحبس مرة أخرى لقضاء باقى العقوبة، إذا ما رأت أن خروجه لم يقوِّمه وأنه ما يزال يمثل خطرًا على الأمن العام.
العفو عن باقى العقوبة:
لا يجوز تنفيذه قبل قضاء نصف المدة، فلو كان المسجون محكومًا عليه بالسجن 10 سنوات لا يجوز تطبيق العفو عن باقى العقوبة إلا بعد قضاء 5 سنوات من عقوبته.
ويمنع العفو فى هذا النوع فى القضايا التى تخل بالأمن العام أيضًا، مثل قضايا تجارة المخدرات، والإرهاب، والتجسس، والتخابر، والقتل.
العفو الشامل:
يكون بقانون من اختصاص مجلس الشعب، وحال عدم انعقاد المجلس يصدره الرئيس، وهو فى جرائم لا تضر بالأمن العام أيضًا كالعفو الشرطى والعفو عن باقى العقوبة.
وينفذ قطاع السجون قرار العفو، بعد قرار من وزير الداخلية، ويعتمده مجلس الوزراء ووزارة العدل ويرسل إلى رئاسة الجمهورية للتصديق عليه، ثم تشكل لجنة لفحص ملفات النزلاء لتحديد مستحقى العفو الشرطى أو عن باقى العقوبة، ثم يطبق القرار.
العفو الجمهورى:
وهو أن يكون محكوماً عليه نهائياً بعقوبة مقيده للحرية قضاء نصف مدة العقوبة قبل موعد المناسبة حسب التقويم الميلادى، وبشرط ألا تقل مدة التنفيذ عن ستة أشهر، وإذا كانت العقوبة بالسجن المؤبد فلا يجوز الإفراج إلا إذا قضى المحكوم عليه فى السجن 15 سنة ميلادية.. على أن يوضع المفرج عنه تحت مراقبة الشرطة مدة خمس سنوات.
وتضمن القرار الجمهورى أيضًا تشكيل لجنة عليا من الجهات الأمنية المعنية برئاسة مساعد وزير الداخلية لقطاع مصلحة السجون، للنظر فيمن يستحق العفو.