يقع على عاتق قطاع أمن المنافذ بالداخلية العديد من الاختصاصات والمهام الأمنية، للتصدى للجريمة بشتى أنواعها، حيث تختص بـ:
تأمين الركاب والأمتعة والبضائع الصادرة والواردة.
تأمين الأسوار ومناطق الاقتراب والمنشآت والأهداف الحيوية.
تأمين وسائل الانتقال المختلفة.
التأمين ضد أخطار المفرقعات والشراك الخداعية.
إصدار تصاريح دخول الموانئ والمراقبة الأمنية للعاملين بها والمترددين عليها.
تلقى البلاغات الهامة من الهيئات والأفراد والرد عليها.
التأمين فى حالات الطوارئ والأزمات ومواجهة أى حالات للخروج على الشرعية.