اغتيل عثمان بن عفان في يوم الجمعة 18 من ذي الحجة سنة 35 هـ، ودفن بالبقيع، وكان لحادث مقتل الخليفة، أكبر الأثر في تحول مسار التاريخ الإسلامي.
وصلت الأمور إلى ذروتها وفشلت المفاوضات بين معسكر عثمان بن عفان والمتجمهرين، خاصة بعدم قتل واحد من الثوار وهو "نيار بن عياض"، حينما رمى أحد المُحاصرين في دار عثمان سهمًا نحوه، وطلب الثوار من عثمان أن يدفع إليهم بالقاتل، ولكنه رفض وقال لهم: لم أكن لأقتل رجلا نصرني وأنتم تريدون قتلى_ وفق ما جاء في كتاب الكامل في التاريخ لأبن الأثير.
تأزمت الأمور واقتحم الثائرون الدار، وحدثت اشتباكات بينهم وبين أهله، وأصابوا عبد الله بن الزبير بجراحات كثيرة وصرع مروان بن الحكم حتى اعتقدوا أنه مات، ودخلوا إلى عثمان فقتلوه، وقد أدت هذه الحادثة إلى انقسام المسلمين لاحقاً بين معسكرى الإمام على بن أبى طالب والخليفة معاوية بن أبي سفيان.