قالت هيئة الطيران المدنى فى اليونان إن آخر اتصال بين المراقبين الجويين وطيار طائرة مصر للطيران وجده فى حالة معنوية مرتفعة. وفقد مراقبو حركة المرور الجوية اليونانية الاتصال بالرحلة التى دخلت منطقة مسؤولية المرور الجوى المصري.
وقالت الهيئة إن الرحلة دخلت منطقة التحكم فى المرور الجوى اليوناني، الساعة 02:24 بتوقيت اليونان (2324 بتوقيت غرينتش)، وتم التعرف عليها والموافقة على دخولها المجال الجوى ومرت إلى القطاع الثانى من مراقبى المرور الجوى إلى نقطة الخروج، ومنحتها منطقة التحكم المرورية الجوية اليونانية الموافقة.
وحاول المراقبون الجويون الاتصال بالطيار مجددا عند الساعة 03:27 بالتوقيت المحلى لتسليم الطائرة إلى منطقة المسؤولية المصرية، لكن "بالرغم من الاتصالات المتكررة، لم تستجب الطائرة."
ثم اتصل مراقبو المرور الجوى على تردد الطوارئ مرة تلو الأخرى، ولم تكن هناك استجابة. وعند الساعة 03:29، كانت الطائرة قد تخطت نقطة الخروج من المجال الجوى التابع لأثينا، وعند الساعة 03:29 اختفت من على شاشات الرادار. وقالت السلطات اليونانية إن الجيش طلب منه المساعدة فى حال ظهرت الطائرة على الرادار العسكري، لكن لم يكن هناك أى وجود لها. وبدأت عمليات البحث والإنقاذ عند الساعة 03:45.