نص قانون صندوق مواجهة الطوارئ الطبية على أن يتم الصرف من حصيلة موارد الصندوق بقرار من رئيس مجلس الأمناء فى الأغراض الآتية :
- تغطية تكاليف حالات الكوارث والطوارئ الطبية والأزمات والأوبئة .
- تغطية الحالات التى تستلزم التدخلات الطبية الحرجة والدقيقة لمنع تراكم العمليات الجراحية الكبرى التى يعتمدها مجلس الأمناء .
- المساهمة فى نفقات علاج المرضى الخاضعين لنظام العلاج على نفقة الدولة بما يتفق وأغراض الصندوق .
ونص القانون على أن أموال الصندوق أموال عامة، وللصندوق فى سبيل اقتضاء حقوقه اتخاذ إجراءات الحجز الإدارى طبقًا لأحكام القانون رقم 308 لسنة 1955 فى شأن الحجز الإدارى.
ويكون للصندوق موازنة مستقلة، وتبدأ السنة المالية للصندوق مع السنة المالية للدولة وتنتهى بنهايتها، ويفتح له حساب بالبنك المركزى المصرى أو البنوك التجارية بعد موافقة وزير المالية، ويُعد الصندوق قوائم مالية سنوية وربع سنوية، ويتم ترحيل الفائض من عام إلى آخر .
وتخضع حسابات الصندوق لرقابة وزارة المالية والجهاز المركزى للمحاسبات، واستثناءً من أحكام قانون ربط الموازنة العامة للدولة تُعفى إيرادات الصندوق من أى خصومات مقررة لصالح الخزانة العامة للدولة .
ومع عدم الإخلال بأحكام القانون رقم 182 لسنة 2020 بإلغاء الإعفاء المقرر على عوائد أذون الخزانة والسندات أو الأرباح الرأسمالية الناتجة عن التعامل فى هذه الأذون والسندات من الضريبة على الدخل، تعفى أموال الصندوق والتسهيلات الائتمانية الممنوحة له من جميع أنواع الضرائب والرسوم بما فى ذلك الضريبة على القيمة المضافة التى يتحمل الصندوق عبأها مباشرة ، وذلك كله فى حدود الغرض الذى أنشئ من أجله.