شهدت الجماعة الإسلامية منذ فض اعتصامى رابعة العدوية والنهضة انشقاقات عديدة، بسبب استمرارها فى تحالف دعم الإخوان، حتى اضطرت الجماعة الإسلامية فى النهاية إلى إعلان الانفصال عن التحالف، ويستعرض انفراد أبرز تلك الانشقاقات.
- كانت أولى تلك الاستقالات هى استقالة المتحدث الرسمى لحزب البناء والتنمية هشام النجار، فى أغسطس2013.
- ثانى عملية انشقاق من الجماعة الإسلامية هو إعلان عدد من مؤسسى الجماعة الاستقالة منها، وتدشين حركة جديدة تدعى"تمرد الجماعة الإسلامية"فى سبتمبر2013.
- شهدت الجماعة الإسلامية استقالات كبيرة شملت عددا من مؤسسى الجماعة الإسلامية، وكان على رأسهم الشيخ فؤاد الدواليبى.
- الانشقاق الرابع شمل عصيانا واسعا قادته أعضاء الجماعة فى الصعيد، ويترأسه بدرى مخلوف، مؤسس الجماعة بقنا والأقصر.