مجلس إدارة الهيئة الوطنية للانتخابات هو المهيمن على شئون الهيئة، وخصص القانون رقم 198 لسنة 2017 بشأن الهيئة فى الفصل الثالث منه علفى تشكيل مجلس إدارتها ومدته واختصاصاته.
ونصت المادة رقم 5 على، يشكل المجلس من عشرة أعضاء بالتساوى من بين نواب رئيس محكمة النقض، و ورؤساء محاكم الاستئناف، ونواب رئيس مجلس الدولة، ونواب
رئيس هيئة قضايا الدولة، ونواب رئيس هيئة النيابة الإدارية، يختارهم مجلس القضاء الأعلى والمجالس الخاصة والعليا للجهات والهيئات القضائية المتقدمة بحسب الأحوال من غير أعضاء هذه المجالس على ألا تقل المدة الباقية لبلوغ أي منهم سن التقاعد عن ست سنوات عند ندبهم .
ويخطر رؤساء الجهات والهيئات القضائية المتقدمة وزير العدل بأسماء الأعضاء الذين تم اختيارهم ويصدر بتعيينهم قرار من رئيس الجمهورية بناء على عرض وزير العدل.
ويرأس الهيئة أقدم أعضائها من محكمة النقض، ويمثلها أمام القضاء وفي صلاتها بالغير ، وتكون له السلطات والاختصاصات المقررة للوزير المختص ووزير المالية بمقتضى القوانين واللوائح.
أما اختصاصات مجلس إدارة الهيئة فنصت عليها المادة 7 ، والتى أكدت ان المجلس هو السلطة العليا المهيمنة على شئون الهيئة، والمختص بتصريف أمورها، ووضع وتنفيذ السياسات اللازمة لتحقيق أغراضها وأهدافها ولممارسة اختصاصاتها وللمجلس في سبيل ذلك على الأخص ما يأتي :
1 - إصدار القرارات واللوائح الداخلية المتعلقة بالشئون المالية والإدارية والفنية للهيئة دون التقيد بالقواعد الحكومية .
2 -وضع اللوائح التي تنظم شئون العاملين بالهيئة .
3 -إقرار مشروع الموازنة السنوية، واعتماد الحساب الختامي للهيئة .
4 -اقتراح إبرام الاتفاقيات التي تدخل في نطاق عمل الهيئة بعد استطلاع رأي الوزارات المعنية ، والتعاون مع المنظمات والجهات الدولية المتخصصة والعاملة في مجال عمل الهيئة .
5 -إقامة المؤتمرات والندوات وحلقات البحث المتصلة بإجراء الاستفتاءات والانتخابات .
6 -التعاون مع المراكز البحثية والمعاهد المتخصصة لخدمة أغراض الهيئة .
7 -الاشراف على الأعضاء واللجان أثناء عملية الاقتراع والفرز في الاستفتاءات والانتخابات .
8 -وضع القواعد والتعليمات الخاصة بالاقتراع والفرز, وتوزيعها على الأعضاء قبل موعد الاستفتاءات والانتخابات بوقت كاف للعمل بمقتضاها .
9 -إعداد وإصدار تقرير نهائي تفصيلي عن كل عملية استفتاء أو انتخاب بجميع مراحلها ، يتم نشر ملخصه في الجريدة الرسمية, على أن يقدم إلى رئيس الجمهورية, ورئيس مجلس النواب, ورئيس مجلس الوزراء .
10 -إعداد وإصدار تقرير سنوي عن نشاط الهيئة وأعمالها, يرسل إلى كل من رئيس الجمهورية ورئيس مجلس النواب ورئيس مجلس الوزراء للإحاطة .
11 -النظر في التقارير الدورية التي يرفعها له المدير التنفيذي .
12 -وضع القواعد الخاصة بالدعاية والتمويل والانفاق الانتخابي والإعلان عنه، والرقابة عليها، وضبط مخالفيها، وإبلاغ الجهات المختصة بذلك .
13 -النظر في كل ما يرى الرئيس أو أحد أعضاء المجلس عرضه على المجلس من مسائل تدخل في اختصاصه.