تناول الباب الثانى من مشروع قانون الجمارك الجديد، والذى يحمل عنوان "مصلحة الجمارك وموظفوها"، وهو باب مستحدث، تحديد مهام مصلحة الجمارك بصورة واضحة، باعتبار أن المقرر فى القانون الحالى أحكام متفرقة لبعض الاختصاصات، حيث أوضح فى فصله الأول مهام مصلحة الجمارك، وتشمل:
1- أعمال الرقابة الجمركية لتأمين وتيسير حركة التجارة الدولية
2- إتمام الإجراءات الجمركية اللازمة للإفراج عن البضائع الواردة والصادرة
3- تحصيل كافة الضرائب والرسوم المستحقة على البضائع الواردة والصادرة
4- إدارة نظامى السماح المؤقت ورد الضريبة
5- تطبيق القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بعمليات دخول وخروج البضائع
6- اتخاذ الإجراءات اللازمة لحماية حقوق الملكية الفكرية طبقاً لاتفاقية التريبس وقانون حماية الملكية الفكرية
وذلك كله على النحو الذى ستنظمه اللائحة التنفيذية على امتداد الإقليم والخط الجمركيين وذلك بالتنسيق مع وزارة التجارة والصناعة، ودون أية تعارض مع قوانين أخرى ذات صلة، كما تضمن اختصاصاً لوزير المالية أو من يفوضه فى إنشاء الدوائر والنقاط الجمركية وكذلك تعديلها أو إلغائها.
وفى الفصل الثانى من ذات الباب فيما يتعلق بموظفى مصلحة الجمارك تم الالتزام بالقواعد العامة المقررة فى قانون الإجراءات الجنائية، بأن يكون منح صفة الضبطية القضائية لموظفى الجمارك المختصين بقرار من وزير العدل بالاتفاق مع وزير المالية.
كما اعتمد مشروع القانون التدقيق والمراجعة اللاحقة لتمكين مصلحة الجمارك من مراجعة المستندات الخاصة بالعمليات الجمركية لدى كافة المتعاملين معها، مع إمكانية إعادة حساب الضرائب والرسوم المستحقة إذا ما تبين من المراجعة وجود فروق مستحقة للدولة إذا ثبت أن احتسابها تم بناء على غش أو تدليس أرتكبه أى ممنً لهم صلة بالعمليات الجمركي.
كما نظم المدى الزمنى لمراجعة السجلات طبقاً لأحكام قانون التجارة المصرى الذى يلزم التاجر بالاحتفاظ بالدفاتر التجارية الإلزامية لمدة خمس سنوات على الأقل تبدأ من تاريخ إقفال الدفتر والتأشير عليه من السجل التجارى، كما أعتمد عدم جواز رفع الدعوى الجنائية فى الجرائم التى تنسب الى موظفى المصلحة ممن لهم صفة الضبطية القضائية أثناء وبسبب تأدية عملهم إلا بناء على طلب كتابى من الوزير أو من يفوضه، فضلاً عن إثابة موظفى المصلحة فى ضوء معدلات الأداء والانجاز فى الأعمال المكلفين بها.
كما أجاز لوزير المالية أو من يفوضه إصدار قراراً بإنشاء صندوق للرعاية الصحية للعاملين بالمصلحة بعد أخذ رأى هيئة الرقابة المالية، ويحدد نظامه الأساسى، وموارده وأغراضه، وكيفية إدارته.