استحدث الفصل السادس من مشروع قانون الجمارك الإطار القانونى لنظام الأسواق الحرة، حيث لم يسبق تنظيمه بالقانون الحالى، حيث كان يتم معاملتها معاملة المستودعات الخاصة على الرغم من أنها ليست مخازن بالمعنى الدقيق وإنما هى أماكن يرخص فيها بعرض وبيع البضائع غير خالصة الضرائب الجمركية، وهى بذلك تختلف عن المستودعات.
ونصت المادة (31) من المشروع على أن يُرخص بإنشاء الأسواق الحرة بقرار من الوزير أو من يفوضه، ولا يجوز إصدار تراخيص جديدة بهذا النظام فى غير صالات الركاب بالموانئ أو تجديد تراخيص القائم منها وقت العمل بهذا القانون، إلا بعد موافقة كل من وزارة التجارة والصناعة ووزارة السياحة.
وتحدد اللائحة التنفيذية قواعد العمل بهذا النظام والبضائع التى تعرض وتباع فى الأسواق الحرة، ومدة بقائها، وضمانات أداء الضرائب والرسوم المستحقة عليها، والجعالة الواجب أداؤها للمصلحة عن مدة الترخيص، والقواعد الأخرى المتعلقة بها.
فيما نصت المادة (32) على أن تؤدى الضريبة الجمركية وكافة الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة على البضائع المفرج عنها من الأسواق الحرة إلى داخل البلاد وفقاً للقوانين والقرارات النافذة فى تاريخ البيع، وتلتزم الجهة المستغلة للسوق الحرة بأداء الضريبة الجمركية وكافة الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عن كل نقص أو ضياع أو تغيير فى أوزان أو أعداد أو مقادير البضائع بتلك الأسواق، فضلا عن الغرامات والتعويضات المنصوص عليها فى الباب التاسع من هذا القانون.
ولا تستحق الضريبة الجمركية وكافة الضرائب والرسوم الأخرى إذا كان النقص أو الضياع أو التغيير نتيجة لأسباب طبيعية كالتبخر أو الجفاف وفقاً لما تقرره الجهات المختصة أو كان ناتجاً عن قوة قاهرة.