تاريخ من الاغتيالات والتصفيات تورطت فيها حركة حماس، وعلى الرغم من بشاعة هذه الجرائم ، إلا أن الجريمة الأشهر كانت قضية اغتيال إياد المدهون ، حيث عثر عليه مقتولًا شمال قطاع غزة عام 2013 ، واتهمت زوجته عناصر الحركة ، بتصفيته للعمل ضد مصالحهم في قطاع غزة ، ما سبق جزء صغير من تاريخ كبير من جرائم حركة حماس، التى رسخت عمليات الاغتيال باسم الأخلاق والدين ، كما حدث في 8 من أبريل عام 2005 في عملية، اغتيال يسري العزامي ، الطالبة التى كانت فى ذلك الوقت اللغة العربية في الجامعة الإسلامية، وكانت أثناء عملية الاغتيال البشعة في السيارة مع خطيبها ومعه شقيقه وخطيبته.
وقتها صرّح رسميا توفيق أبو خوصة ، المتحدث باسم وزارة الداخلية الفلسطينية ،بأنّ القتلة اعترفوا بانتمائهم لكتائب عزالدين القسام ، التابعة لحركة حماس، وأنّهم أخذوا أمر الاغتيال من مسئولهم في الحركة ، كما ضمت جرائم حماس ، اغتيال سكرتير جمعية الكتاب المقدّس، في مدينة غزة الشاب رامي عياد (31 عاما) بعد خطفه وتعذيبه ورمي جثته في غابة قريبة من مدينة غزة، في أكتوبر من عام 2007، بعد الاستيلاء على هاتفه المحمول وبطاقة ائتمان زوجته.
سبق ذلك في أبريل 2007 ذاته تفجير مكتبة تابعة لجمعية الكتاب المقدس، وتخريب مدرسة النور المسيحية ، والاستيلاء على بعض محتوياتها، وقيل آنذاك إنّ هؤلاء القتلة ينتمون لما يسمى "جيش الإسلام".
ويأتى تفجير حماس ، لمسجد ابن تيمية في مدينة رفح، من أبشع الجرائم ، حيث دمروا المسجد براجمات الصواريخ على المصلين فيه من أنصار الشيخ عبد اللطيف موسى؛ بحجة أنّهم جماعة سلفية في أغسطس 2009 بعدما فرضت حماس سيطرتها على القطاع ، ولم تتوقف حركة حماس عن ارتكاب جرائم القتل والخطف والتعذيب تحت الأرض وانما أيضا نفذ أعضاء الحركة العديد من الجرائم من خلال تسريب الغاز السام الى غرف السجناء والمعتقلين ، وكذلك قصف العديد من الأماكن وتفجيرها ،وتزعم أن قوات الاحتلال الاسرائيلى قامت بقصف هذه الأماكن .
وفي 27 أغسطس 2014 كشف قيادي بالأمن الوقائي الفلسطيني ، عن جرائم ترتكبها حركة حماس في قطاع غزة، وقال: "إن هذه الجرائم تتنافى مع ما تعلنه الحركة بأنها مقاومة"، وقال: "إن غالبية هذه الأعمال كانت تتم في الأنفاق الموجودة في الحدود بين القطاع وإسرائيل ومصر".
وقال القيادى الأمنى: "إن الأنفاق التي كانت بنتها حماس على الحدود مع مصر وإسرائيل كانت تمارس بداخلها أفعال مشينة، حيث كان يمارس بداخلها إلى جانب عمليات التهريب أعمال أخرى غير أخلاقية، خاصة خلال حكم الرئيس المعزول محمد مرسي، وهي الفترة التي شهدت ازدهارا في عملية بناء الأنفاق"، لافتا إلى أن كل من حاول الكشف عن هذه الأعمال التي كانت تحدث داخل الأنفاق كان مصيره القتل من جانب أمن حماس ، مضيفا أن حماس كانت تضع الغاز السام في الأنفاق لقتل من بداخلها، ثم تدعي بعد ذلك أن إسرائيل قامت بقصف النفق.