حدد قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية الجديد الذى أقره مجلس النواب نهائيا، اختصاصات هامة لمجلس إدارة هيئة الأوقاف المصرية، لتمكينه من القيام بدوره وتحقيق أهداف وفلسفة القانون الجديد التي تستهدف تعظيم إيرادات الهيئة وتنظيم إدارة واستثمار أموالها.
وينص القانون على أن مجلس إدارة الهيئة هو السلطة العليا في تصريف أمورها، وله أن يتخذ ما يراه لازماً من قرارات لمباشرة اختصاص الهيئة لتحقيق الغرض التي قامت من أجله، وله على الأخص ما يأتي:
(أ) رسم السياسة العامة لإدارة واستثمار أموال الأوقاف، لتحقيق أقصى عائد ممكن على الأسس الاقتصادية السليمة.
(ب) وضع النظم الكفيلة بتنمية إيرادات الأوقاف، وتحصيلها بصفة منتظمة، وصيانتها المستمرة، ومتابعة تنفيذ ذلك بما يكفل المحافظة عليها.
(ج) وضع الهيكل التنظيمي والإداري للهيئة.
(د) إصدار اللوائح والقرارات الداخلية في المسائل المالية والإدارية والفنية التي تسير عليها الهيئة، وغيرها من اللوائح المتعلقة بنشاطها، واعتمادها من الجهات المختصة دون التقيد بالقواعد الحكومية.
(ه) الموافقة على مشروع الموازنة السنوية، والحساب الختامي.
(و) النظر فى التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل بالهيئة، ومركزها المالي، واتخاذ ما يراه بشأنها.
(ز) الموافقة على منح التوكيلات المنصوص عليها في المادة (4) البند (رابعاً) من هذا القانون.
(ح) التقدم باقتراحات نزع الملكية للمنفعة العامة لإقامة منشآت للهيئة، وذلك وفقاً لأحكام القانون رقم 10 لسنة 1990 بشأن نزع ملكية العقارات للمنفعة العامة.
(ط) عقد القروض، وقبول الهبات والوصايا والتبرعات، وصرفها فى الأوجه المخصصة لها.
(ي) النظر فى كل ما يرى وزير الأوقاف أو رئيس المجلس عرضه من المسائل التي تتعلق بنشاط الهيئة.
(ك) تعيين العاملين بالهيئة وفق الضوابط القانونية المقررة.