حدد قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية، اختصاصات هيئة الأوقاف، ونص علي أن يكون للهيئة في سبيل تحقيق أغراضها الاختصاصات الآتية:
أولا: إدارة الأوقاف الخيرية واستثمارها والتصرف فيها على أسس اقتصادية، بقصد تنمية أموال الوقف باعتبارها أموالا خاصة نيابة عن وزير الأوقاف، بصفته ناظرا عن الأوقاف الخيرية، علي أن تتولي وزارة الأوقاف تنفيذ شروط الواقفين والأحكام والقرارات النهائية الصادرة من المحاكم واللجان بشأن القسمة أو الاستحقاق أو غيرها، وكذلك محاسبة مستحقي الأوقاف الأهلية، وفقا لأحكام القانون رقم 44 لسنة 1962، وذلك من حصيلة ما تؤديه الهيئة إلي الوزارة.
ثانيا: حصر وتقييم أعيان وأموال الأوقاف التي تختص الهيئة بإدارتها واستثمارها، واستلام هذه الأموال عن طريق اللجنة اللجنة النوعية المختصة، علي أن تمثل فيها وزارة المالية والمجالس المحلية، والهيئة العامة للإصلاح الزراعي، وأية جهات أخري علي حسب الأحوال، ويبين قرار إنشاء هذه اللجان كيفية أداء عملها، علي أن يكون التصرف في الأعيان والعقارات بطريق المزاد العلني.
ويجوز لها الاستبدال أو البيع بالممارسة في الأحوال الآتية:
أ) للملاك علي الشيوع في العقارات التي بها حصص خيرية، بشرط ألا تزيد الحصص الخيرية علي نصف العقار
ب) لمستأجري الأراضي الفضاء التي أقام عليها مستأجروها مباني لأكثر من خمس عشرة سنة.
ج) لمستأجري الوحدات السكنية بعمارات الأوقاف بالنسبة للوحدات المؤجرة لهم.
ويتضمن هذا الحصر كل ما يتعلق بهذه الأموال من بيانات، وذلك لاتخاذ الإجراءات الكفيلة بالمحافظة علي حقوق الهيئة في مواجهة المستأجرين أو واضعي اليد، وإذا ما تبين للجنة وجود أي نقص في الأعيان والأموال المسلمة ألزمت جهة التسليم بالتعويض.
ويقصد بجهة التسليم في تطبيق أحكام هذا القانون كل جهة حكومية سبق استلامها أراضي أو عقارات أو أموال خاصة بالأوقاف بموجب أحكام قوانين أخري.
ثالثا: شراء الأعيان التي تتولي لجان القسمة بيعها، طبقا لأحكام القانون رقم 55 لسنة 1960 بشأن قسمة الأعيان التي انتهي فيها الوقف، أو غيرها من الأعيان التي تحقق عائدا.
رابعا: توكيل أشخاص اعتبارية عامة أو خاصة أو غيرها في تحصيل إيراداتها في نطاق إقليمي معين مقابل عمولة تحصيل، وذلك طبقا للشروط التي يحددها مجلس إدارة الهيئة، وذلك كله بالشروط والأوضاع التي تنظمها اللائحة التنفيذية.