عقب ثورة يناير 2011 لحقت المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، بقائمة كبيرة من المنظمات والمراكز التي تردد اسمها في ذلك التوقيت، والتي ارتبطت بأحداث الفوضى التى كانت تشهدها البلاد حينذاك، تلك المبادرة التي تم تدشينها عام 2002، وكان هدفها المعلن هو تعزيز وحماية الحقوق والحريات الأساسية فى مصر، لكن منذ هذا التاريخ اتضح أن الهدف الأساسى وغير المعلن للمبادرة هو مهاجمة الدولة المصرية والسعى الدائم لإسقاط مؤسساتها.
وتتعاون المبادرة مع منظمات شريكة لها وبدعم مباشر من أجهزة مخابرات دول أجنبية، حيث برزت أسماء تلك المنظمات والمراكز كحلقة الوصل مع شخصيات تتحرك فى الخارج باجتماعات ولقاءات مع سياسيين ودبلوماسيين بارزين لترتيب تلقى تمويلات تقدر بملايين الدولارات كشفتها الأحداث فى وقت لاحق بالقوائم والمبالغ تحت ستار دعم الحرية وحقوق الإنسان فى مصر.
كما برزت أسماء لأفراد وأعضاء لهم علاقة بالمبادرة على رأس قوائم متورطة بشكل مباشر فى كتابة تقارير لصالح جهات أجنبية بمعلومات تخص الشأن الداخلى المصرى، وبين عامى 2017 و2018 كانت المبادرة المصرية للحقوق الشخصية حاضرة على رأس تحالف تحت اسم "ملتقى منظمات حقوق الإنسان المصرية المستقلة"، إلى جانب 19 منظمة ومركز آخرين، وكان الهدف إدارة حملة ممنهجة ضد مصر من الخارج تورطت فيها مخابرات جهات أجنبية، وتحدث مراقبون سياسيون عن أن التمويل بالكامل يأتى من تركيا وقطر، وظهر خلال الحملة عناصر وأسماء محسوبة على التنظيم الدولى للإخوان.