تواجه المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، اتهامات متلاحقة بتلقى تمويلات من الخارج لخدمة أجندات استخباراتية تستهدف إسقاط الدول والتحريض وتأليب الشعوب، ويتورط أسماء أفراد يعملون داخلها بشبهات الاتصال بجهات أجنبية للضغط على مصر للإفراج عن مقبوض عليهم على ذمة قضايا تتعلق بإثارة الفوضى وتنفيذ مخططات لإسقاط مؤسسات الدولة المصرية.
ولحقت المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، التى تم تدشينها عام 2002، بقائمة كبيرة من المنظمات والمراكز التى تردد اسمها عقب يناير 2011، وارتبطت بأحداث الفوضى التى كانت تشهدها البلاد وقتها، وبرزت أسماء تلك المنظمات والمراكز كحلقة الوصل مع شخصيات تتحرك فى الخارج باجتماعات ولقاءات مع سياسيين ودبلوماسيين بارزين لترتيب تلقى تمويلات تقدر بملايين الدولارات كشفتها الأحداث فى وقت لاحق بالقوائم والمبالغ تحت ستار دعم الحرية وحقوق الإنسان فى مصر.
وركزت الحملة عملها على مؤسسات الدولة المصرية، عن طريق إدارة حملة ممنهجة ضد مصر من الخارج تورطت فيها مخابرات جهات أجنبية، وتحدث مراقبون سياسيون عن أن التمويل بالكامل يأتى من تركيا وقطر، وظهر خلال الحملة عناصر وأسماء محسوبة على التنظيم الدولى للإخوان، وكان يدير الحملة وقتها بهى الدين حسن مدير مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان.
وحامت الشبهات حول أنشطة المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، حيث تم إلقاء القبض على باتريك جورج زكى الناشط بالمبادرة بوم 7 فبراير 2020 فى مطار القاهرة لدى عودته من إيطاليا، بتهمة إشاعة أخبار وبيانات كاذبة من شأنها تكدير السلم المجتمعى، وتم إرفاق أوراقا ومطبوعات من حساب جورج بموقع التواصل الاجتماعى فيسبوك تضمنت منشوراته التى تحتوى "موادا تحريضية".
وحسب راوية هيثم شرابى، الباحث الحقوقى، فإن تعاونها للتخديم على رؤى التنظيمات الإرهابية جاء منذ 2010 عندما بدأت مؤسسة الكرامة القطرية فى التواصل مع منظمات ومراكز مصرية وكان من بينها المبادرة المصرية، حيث أصدرت بيانا مشتركا حول إنهاء ما أسموه الاعتقال فى ظل الطوارئ، وشارك فى هذا البيان مركز هشام مبارك "أحمد سيف الإسلام"، والمبادرة المصرية للحقوق الشخصية، حسام بهجت، وجمعية مساعدة السجناء، ومؤسسة الكرامة عبد الرحمن النعيمى، ومؤسسة حرية الفكر والتعبير، ومركز النديم لتأهيل ضحايا العنف، وكان تركيز البيان والفعاليات على المسجونين التابعين للتنظيمات الإرهابية مثل خلية الزيتون وخلية تفجيرات طابا".
واتخذت مؤسسة الكرامة القطرية مقرا لها فى مصر بشكل غير رسمى وهو نفس مكتب المبادرة المصرية للحقوق الشخصية.