تمارس المبادرة المصرية للحقوق الشخصية العمل الأهلى وتحصل على أموال من جهات عديدة بالمخالفة للقانون، بالمخالفة لقانون الشركات الذى تأسست وفقا له منذ 18 عاما، حيث تلاحقها اتهامات الخيانة وتلقى تمويلات من الخارج.
وعلى امتداد سنوات عملها منذ تأسيسها عام 2002 تلطخت أسماء أفراد يعملون داخلها بشبهات الاتصال بجهات أجنبية، للضغط على مصر فى ملفات عديدة ترتبط فى الغالب بأجندة جماعة الإخوان الإرهابية والدول الداعمة لها، وهناك تحالف من المنظمات الحقوقية على رأسهم المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، يشوه صورة مصر في الخارج.
ويقدم هذا التحالف معلومات مغلوطة للمؤسسات الدولية، من خلال عقد عشرات المؤتمرات واللقاءات مع داوئر صنع القرار في أمريكا وأوروبا، بهدف تشويه سمعة الدولة المصرية، فهى تعتمد على استخدام العناوين البراقة والتزين زيفا بكلمات رنانة لتختبئ خلف الهدف المزعوم العمل من اجل وهو حقوق الإنسان، ففي الحقيقة وبناء على ما يتم على الأرض هذه المبادرة تسعى لتشويه صورة الدولة المصرية، ولعل أخطر تطبيق لتلك الفكرة هو تسلل البعض من باب خلفي لهدم المجتمعات المستقرة وهو باب حقوق الإنسان.
ولعل هيومان وواتش المنظمة العالمية أبرز دليل علي ذلك، ولأن الهدم يكون من داخل البيت أفضل من خارجه، فقد ظهرت بعض المنظمات التي تتخذ من حقوق الإنسان لهدم الإنسان نفسه ومنها المبادرة المصرية للحقوق الشخصية.