استحدث قانون الجمارك الموحد فى المادة 29 منه الإطار القانونى لنظام الأسواق الحرة حيث لم يسبق تنظيمها، بحسبان أنه كان يتم معاملتها معاملة المستودعات الخاصة على الرغم من أنها ليست مخازن بالمعنى الدقيق وإنما هى أماكن يرخص فيها بعرض وبيع البضائع غير خالصة الضرائب الجمركية، وهى بذلك تختلف عن المستودعات.
فأوجبت المادة على الهيئة العامة للاستثمار قبل الترخيص إنشاء منطقة حرة واستطلاع رأى مصلحة الجمارك، ونظمت المادة كيفية ممارسة الرقابة الجمركية داخل المناطق الحرة فنصت على أن لمصلحة الجمارك بالتنسيق الهيئة العامة للاستثمار دخول المناطق الحرة والاطلاع على الأوراق والسجلات والوثائق والمستندات أياً كان نوعها وإجراء الجرد لمشروعات هذه المناطق وإتمام المطابقات للتأكد من صحة الأرصدة.
وجاء نص المادة (29) بالقانون كالتالى:
يتعين على الهيئة العامة للاستثمار والمناطق الحرة قبل الترخيص بإنشاء المناطق الحرة استطلاع رأى المصلحة فى الشروط والمواصفات المطلوبة، ويُعد عدم رد المصلحة خلال خمسة عشر يوم عمل من تاريخ ورود الطلب موافقة منها على السير فى إجراءات الترخيص، وفى جميع الأحوال يتم إخطار المصلحة بصدور قرار مزاولة النشاط أو تعديله أو إلغائه لتحقيق الرقابة الجمركية.
وللمصلحة بالتنسيق مع الهيئة العامة للاستثمار دخول المناطق الحرة والاطلاع على الأوراق والسجلات والوثائق والمستندات أياً كان نوعها وإجراء الجرد لمشروعات هذه المناطق وإتمام المطابقات للتأكد من صحة الأرصدة، على أن توافى الهيئة المشار إليها بنتيجة الجرد والمطابقة، وذلك وفقاً لما تحدده اللائحة التنفيذية لهذا القانون من إجراءات وترتيبات خاصة بالرقابة الجمركية.