حدد قانون مكافحة الاتجار بالبشر، عدد من الإجراءات لحماية المجنى عليهم والضحايا، ونص على أنه لا يعد المجنى عليه مسئولًا مسئولية جنائية أو مدنية عن أى جريمة من جرائم الاتجار بالبشر متى نشأت أو ارتبطت مباشرة بكونه مجنيًا عليه، محددا الضمانات الآتية لحماية المجنى عليهم:
1 - تكفل الدولة حماية المجنى عليه، وتعمل على تهيئة الظروف المناسبة لمساعدته ورعايته صحيًا ونفسيًا وتعليميًا واجتماعيًا وإعادة تأهيله ودمجه فى المجتمع فى إطار من الحرية والكرامة الإنسانية، وكذلك عودته إلى وطنه على نحو سريع وآمن إذا كان أجنبيًا أو من غير المقيمين إقامة دائمة فى الدولة.
2 - يراعى فى جميع مراحل الاستدلال أو التحقيق أو المحاكمة فى جرائم الاتجار بالبشر العمل على التعرف على المجنى عليه وتصنيفه والوقوف على هويته وجنسيته وعمره لضمان إبعاد يد الجناة عنه.
3 - يُراعى كفالة الحقوق الآتية للمجنى عليه:
( أ ) الحق فى سلامته الجسدية والنفسية والمعنوية.
(ب) الحق فى صون حرمته الشخصية وهويته.
(ج) الحق فى تبصيره بالإجراءات الإدارية والقانونية والقضائية ذات الصلة، وحصوله على المعلومات المتعلقة بها.
(د) الحق فى الاستماع إليه وأخذ آرائه ومصالحه بعين الاعتبار، وذلك فى كافة مراحل الإجراءات الجنائية وبما لا يمس حقوق الدفاع.
(هـ) الحق فى المساعدة القانونية، وعلى الأخص الحق فى الاستعانة بمحام فى مرحلتى التحقيق والمحاكمة، فإذا لم يكن قد اختار محاميا وجب على النيابة العامة أو المحكمة بحسب الأحوال أن تندب له محاميا، وذلك طبقًا للقواعد المقررة فى قانون الإجراءات الجنائية بشأن ندب محام للمتهم.
(و) وفى جميع الأحوال تتخذ المحكمة المختصة من الإجراءات ما يكفل توفير الحماية للمجنى عليه والشهود وعدم التأثير عليهم، وما قد يقتضيه ذلك من عدم الإفصاح عن هويتهم، وذلك كله دون الإخلال بحق الدفاع وبمقتضيات مبدأ المواجهة بين الخصوم.
4 - توفر الدولة أماكن مناسبة لاستضافة المجنى عليهم فى جرائم الاتجار بالبشر تكون منفصلة عن تلك المخصصة للجناة، وبحيث تسمح باستقبالهم لذويهم ومحاميهم وممثلى السلطات المختصة، وذلك كله بما لا يُخل بسائر الضمانات المقررة فى هذا الشأن فى قانون الطفل أو أى قانون آخر.
5 - تتولى وزارة الخارجية من خلال بعثاتها الدبلوماسية والقنصلية بالخارج تقديم كافة المساعدات الممكنة للمجنى عليهم من المصريين فى جرائم الاتجار بالبشر، وذلك بالتنسيق مع السلطات المختصة فى الدول المعتمدة لديها، وعلى الأخص إعادتهم إلى جمهورية مصر العربية وعلى نحو آمن وسريع، كما تتولى وزارة الخارجية بالتنسيق مع السلطات المعنية فى الدول الأخرى تسهيل الإعادة الآمنة السريعة للمجنى عليهم الأجانب إلى بلادهم الأصلية.
6 - تقوم السلطات المختصة بتوفير برامج رعاية وتعليم وتدريب وتأهيل للمجنى عليهم المصريين سواء من خلال المؤسسات الحكومية أو غير الحكومية.
7 - ينشأ صندوق لمساعدة ضحايا الاتجار بالبشر، يتولى تقديم المساعدات المالية للمجنى عليهم ممن لحقت بهم أضرار ناجمة عن أى من الجرائم المنصوص عليها فى هذا القانون.