يرخص بإنشاء المستودعات الجمركية بقرار من الوزير أو من يفوضه، وللمصلحة أن ترخص بإجراء بعض العمليات على البضائع المودعة في المستودعات بما فيها السماح بنقل ملكيـة البضـائع، وذلك وفقا للقانون رقم 207 لسنة 2020 بإصدار قانون الجمارك.
وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون أنواع المستودعات، والشروط الواجب توافرها بها، والعمليات التي تتم بداخلها، والبضائع التي تودع فيها بما في ذلك التي يستلزم تخزينها شروطـًا خاصة، ومدة بقائها، وضمانات أداء الضرائب والرسوم المستحقة، والجعالة الواجب أداؤها للمصلحة عن مدة الترخيص، والقواعد الأخرى المتعلقة بها.
وتؤدي الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة على البضائع المودعة في المستودعات عند الإفـــراج النهـــائي عنهــا عـلي أسـاس أوزانهـا أو أعـــدادها أو مقاديرها أو أحجامها وقت الإيداع.
ويلتزم المرخص له باستغلال المستودع بأداء الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عن كل نقص أو ضياع أو تغيير في أوزان أو أعداد أو مقادير البضائع المودعة، فضلاً عن الغرامات والتعويضات المنصـــوص عليهـــا في الباب التاسع مـن هـذا القـانون.
ولا تستحق الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى إذا كان النقص أو الضياع أو التغيير نتيجة لأسباب طبيعية كالتبخر أو الجفاف أو كان ناتجًا عن قوة قاهرة.