يهدف مركز حماية البيانات الشخصية، لحماية البيانات وتنظيم معالجتها وإتاحتها، وله فى سبيل تحقيق أهدافه أن يباشر جميع الاختصاصات المنصوص عليها في القانون رقم 151 لسنة 2020 بإصدار قانون حماية البيانات الشخصية.
ووفقا للقانون يكون يكون للمركز رئيس تنفيذي، يصدر بتعيينه وتحديد معاملته المالية قرار من رئيس مجلس الوزراء بناءً على اقتراح الوزير المختص لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة.
ويكون مسئولاً أمام مجلس الإدارة عن سـير أعمال المركز فنيـًا وإداريـًا وماليـًا، ويمثله في صلاته بالغير وأمام القضاء وله على الأخص ما يأتي:
- الإشراف علي تنفيذ قرارات مجلس الإدارة.
- إدارة المركز والإشراف علي سير العمل به ، وتصريف شئونه.
- عرض تقارير دوريــة علي مجلس الإدارة عن نشــاط المركز وســير العمـــل به وما تم إنجازه وفقًا للأهداف والخطط والبرامج الموضوعة ، وتحــديد معـوقات الأداء ، والحلـول المقـترحة لتفـاديها.
- ممـارسة الاختصاصات الأخرى التى تحددها لوائح المركز.
- اتخاذ كل ما يلزم لإنفاذ جميع مهام المركز واختصاصاته الواردة فى المـادة (21) مـن هـذا القـانون.
ويعاون الرئيس التنفيذى فى مباشرة اختصاصاته عدد كاف من الخبراء والفنيين والإداريين وفقًا للهيكل التنظيمي للمركز.