يهدف قانون الجمارك الجديد للمساهمة في تحقيق التوجهات الاستراتيجية فى رؤية مصر 2030، تحسين موقع مصر على مؤشرات القياس الدولية فى مجالات تيسير التجارة الدولية وتشجيع الاستثمار وممارسة الأعمال، بالإضافة لتشجيع المشروعات الاقتصادية الوطنية وتيسير التجارة الدولية، وقامت الحكومة بميكنة وتطوير المنظومة الجمركية وربط الموانئ المصرية جميعها بمنظومة واحدة لتتحول لنافذة واحدة على أن تكون ممر لعبور البضائع وليست مخازن.
كما تم وضع ضمانات كافية لحماية حرمة المساكن الخاصة، ومقرات الشركات والهيئات التى تتعامل مع الجمارك، عند إجراء المراجعة اللاحقة للبيانات الجمركية التى تم الإفراج عن البضائع بموجبها، بحيث ترتكز على معلومات موضوعية ولا تستهدف التفتيش، بل الاطلاع على الأوراق والسجلات والوثائق لفحصها، بواسطة رجال الجمارك ممن لهم حق الضبطية القضائية، الذين يحررون محضرًا فى مواجهة صاحب الشأن يتم فيه إثبات كل الإجراءات، بعد إحاطته بحقوقه وواجباته المقررة قانونًا، وما أسفرت عنه نتائج الفحص، حتى يستطيع أن يسجل اعتراضه، ويتم عرض تقرير المراجعة اللاحقة، على رئيس مصلحة الجمارك، لاتخاذ القرار المناسب بناء على المعلومات الموضوعية، ويجوز له إعادة النظر فيما انتهى إليه هذا التقرير بناء على تظلم صاحب الشأن.
وتنص المادة رقم (9)، من التشريع على أنه مع عـدم الإخلال بالقوانين المقررة لحماية حرمة المساكن، لموظفى المصلحة ممن لهم صفة الضبطية القضائية وبموجب إذن كتابى من رئيس المصلحة أو من يفوضه الحق فى دخول مقار المذكورين في المـادة (8) من هذا القانون، بغرض الاطلاع على الأوراق والسجلات والوثائق والمستندات المتعلقة بالعمليات الجمركية أو الدالة على مصدر البضائع، وفحصها وإجراء التدقيق والمراجعة اللاحقة بعد الإفراج، وضبطها فى حالة وجود مخالفة.
كما تجوز معاينة البضائع ذاتها فى حالة وجودها عند الاقتضاء وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون القواعد والإجراءات التى تنظم التدقيق والمراجعة اللاحقة، والسجلات التى يتعين الالتزام بإمساكها يدويا أو إلكترونيا.
ومع عدم الإخلال بأحكام الباب التاسع من هذا القانون، يجوز إعادة حساب الضرائب والرسوم المستحقة إذا ثبت أن حسابها تم بناءً على غش أو تدليس وذلك وفقًا للأحكام العامة فى هـذا الشأن.