تضمن قانون الجمارك الجديد عدد من الضوابط والآليات بشأن التخليص الجمركى، وسمح التشريع للوزارات والمصالح الحكومية والهيئات العامة وغيرها من الأشخاص الاعتبارية العامة التخليص الجمركى على بضائعها ولكن وفقا لآلية محددة، وفيما يلى نستعرض هذه الضوابط.
يجوز للوزارات والمصالح الحكومية والهيئات العامة ووحدات الإدارة المحلية وغيرها من الأشخاص الاعتبارية العامة وشركات القطــاع العام وقطــاع الأعمــال العـــام وغيرها من الشركات والسفارات والقنصليات اتخاذ إجراءات التخليص الجمركي علي بضائعها بواسطة العاملين فيها، وذلك بناءً علي تفويض كتابي منها بعد اجتيازهم الدورات التدريبية التي تعـدها المصلحة.
ووفقا للقانون، يودع كل مكتب تخليص جمركي تأمينًا نقديًا بالمصلحة مقداره خمسون ألف جنيه ، وبالنسبة للأشخاص الاعتبارية المرخص لهم بمزاولة مهنة التخليص الجمركي يكون التأمين النقدي مقداره مائة ألف جنيه، يجوز للمصلحة الخصم منه وفاءً لمـا يستحق علي المكتب أو الشخص الاعتباري من غرامات وتعويضات عن المخالفات التي تقع منهم أو من المخلصين التابعين لهم، علي أن يستكمل التأمين بقيمة ما يتم خصمه من غرامات أو تعويضات .
كما ألزم القانون المخلص الجمركي بإمساك سجل خاص برقم مسلسل يختم بخاتم المصلحة تقيد به البضائع التي يتولى التخليص عليها، كما يلتزم بتقديمه للمصلحة عند طلبها مراجعته، ويحتفظ بهذا السجل والمستندات المؤيدة لمـا جاء به لمدة خمس سنوات .