تضمن قانون الجمارك الجديد، عددا من الاختصاصات التى تتولاها المصلحة فى سبيل الحفاظ على المنظومة وضبط آليات العمل، ولعل أبرز هذه المهام الحفاظ على حقوق الملكية الفكرية الخاصة بالبضائع، وفيما يلى نستعرض هذه المهام.
ووفقا للقانون
تتولي المصلحة أعمال الرقابة الجمركية، وإتمام الإجراءات الجمركية اللازمة للتخليص والإفراج عن البضائع الواردة والصادرة والعابرة، وتحصيل الضريبة الجمركية وجميع الضرائب والرسوم الأخرى المستحقة عليها، وإدارة نظامي السماح المؤقت ورد الضريبة ، وتطبيق القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بعمليات دخول وخروج وعبور البضائع .
كما تتولي المصلحة أعمال الرقابة الجمركية فيما يتصل بحماية حقوق الملكية الفكرية الخاصة بالبضائع علي امتداد الإقليم والخط الجمركيين، كما لها أن تتخذ جميع الإجراءات التي تراها كفيلة لتأمين وتيسير حركة التجارة الدولية وذلك بالتنسيق والتعاون مع غيرها من الجهات المختصة .
وللمصلحة أن تتخذ أو تطلب من الجهات المختصة اتخاذ جميع التدابير التي تراها كفيلة بمنع التهريب، ولها أن تتبع البضائع المستوردة التي يتم عرضها للبيع عن طريق المواقع الإلكترونية ، وكذا البضائع المنقولة داخل البلاد بنظام الترانزيت غير المباشر وذلك بجميع الوسائل المتاحة بما فيها التتبع الإلكتروني، ويجوز بقرار من الوزير أو من يفوضه اتخاذ تدابير خاصة داخل نطاق الرقابة الجمركية لمراقبة بعض البضائع .
وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون إجراءات وضوابط تطبيق هذه المـادة .