حدد القانون رقم 145 لسنة 2021 الخاص بإنشاء صندوق الوقف الخيرى مهام مجلس إدارة الصندوق، حيث عرفه القانون بأنه هو السلطة المسئولة عن إدارة شئونه، ويباشر اختصاصاته علي النحو الذي يحقق أهداف الصندوق وأغراضه، وله علي الأخص:
١ - وضع السياسة العامة لإدارة أموال الصندوق واستثمارها لتحقيق أعلي عائد ممكن علي الأسس الشرعية والاقتصادية السليمة .
٢ - اعتماد الهيكل التنظيمي للصندوق، وجداول الوظائف به .
٣ - إصدار اللوائح المـالية والإدارية ولوائح شئون العاملين والتعاقدات والمشتريات وغيرها من النظـم الداخليــة المتعلقــة بالصندوق، وذلك دون التقيد بالقوانين أو اللوائـح أو القرارات المعمول بها في الجهاز الإداري للدولة أو أي جهة أخري .
٤ - الموافقة علي مشروع موازنة الصندوق وحسابه الختامي .
٥ - النظر في التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل في الصندوق ومركزه المـالي واتخاذ ما يراه بشأنها .
٦ - النظر في كل ما يري عرضه رئيس المجلس أو نائبه من المسائل التي تتعلق بنشـاط الصنـدوق .
٧ - اتخاذ ما يراه المجلس مناسبًا من قرارات لتحقيق أهداف الصندوق وأغراضه .