حدد قانون المخلفات الصادر برقم 202 لسنة 2020، عمل مجلس إدارة جهاز المخلفات وهو السلطة العليا المهيمنة على شئون الجهاز وإدارته والموافقة على السياسة العامة التي يسير عليها، وله أن يتخذ من القرارات ما يراه لازمًا لتحقيق أهدافه، ويباشر المجلس اختصاصاته علي الوجه المبين بهذا القانون، وله علي الأخص ما يلي :
١ - الموافقة علي السياسات والمخططات الاستراتيجية لإدارة الأنواع المختلفة للمخلفات ، وكذلك الموافقة علي الخطة المحلية الرئيسة للإدارة المتكاملة للمخلفات .
٢ - اعتماد خطط وبرامج عمل الجهاز .
٣ - اعتماد الهيكــل التنظيمي للجهــاز، وذلك وفقـًا للقواعد والإجــراءات المقــررة في هـذا الشـأن .
٤ - إقرار اللوائح المـالية والفنية والإدارية وغيرها من اللوائح الداخلية المتعلقة بتنظيم العمل بالجهاز .
٥ - وضع نظام التعاقد مع الخبراء والمتخصصين الذين يستعين بهم الجهــاز للعمل في المشروعات التي يقوم بها أو يشرف علي تنفيذها، وتحديد أسلوب المعاملة المـالية لهم ، وذلك وفقًا للقوانين المنظمة لذلك .
٦ - قبول المنح والهبات والتبرعات التي تقدم للجهاز بما لا يتعارض مع أغراضه ، ووفقا للقواعد والإجراءات المقررة في هذا الشأن .
٧ - تحديد فئة رسم إصدار التراخيص والتصاريح والموافقات التي يصدرها الجهاز ، بمـا لا يجاوز الحد الأقصى المنصوص عليه في هذا القانون ، ومقابل الأعمال أو الاستشارات الفنية والتوصيات أو الخدمات التي يؤديها الجهاز للغير ويصــدر بتحـــديد فئـــاتها قرار من الوزير المختص بعد موافقة مجلس الإدارة .
٨ - إبداء الرأي في مشروعات القوانين المتعلقة بتنظيم عمليات إدارة المخلفات .
٩ - الموافقة علي الدراسات والمشروعات الرائدة والتجريبية والدراسات اللازمة لتطوير منظومة إدارة المخلفات .
١٠ - الموافقة علي مؤشرات الأداء الرئيســة لرصـــد ومتـــابعة وتقييم ممـــارسات إدارة المخلفـات .
١١ - إقرار مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي السنوي والمركز المـالي والقوائم المـالية للجهاز .
١٢ - النظر فيما يري الوزير المختص أو الرئيس التنفيذي للجهاز عرضه من مسائل تدخل في مجال اختصاصه .