نصت المادة 12 من قانون إنشاء المركز القومى لإدارة المجال الجوى رقم 25 لسنة 2022، على أن تكون للمركز موازنة مالية مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية، وتبدأ السنة المـالية للمركز مع السنة المـالية للدولة وتنتهى بانتهائها، كما يكون للمركز حساب خاص يفتح ضمن حساب الخزانة الموحد بالبنك المركزى المصرى، وله أن يفتح حسابًا بأحد البنوك التجارية بعد موافقة وزير المـالية، تودع فيه جميع موارده.
ووفقا للمادة، يجوز لوزير المـالية بالاتفـاق مع وزير الطـيران المـدنى منح أموال المركـز المودعة بحساب الخزانة الموحد عـائدًا لا يزيد على العائد الممنوح من البنوك التجارية، ويرحل فائض أموال المركز من موارده الذاتية من سنة مالية إلى أخرى.
وتنص المادة (13)، على أنه لمجلس الوزراء بناءً على اقتراح رئيس مجلس إدارة المركز وعرض وزير المـالية، إعفاء المركز كليا أو جزئيا من أية ضرائب أو رسوم أو ضريبة الدمغة أو رسم تنمية موارد الدولة أو الضريبة على القيمة المضافة، أو تكليف الخزانة العامة للدولة بسدادها.